წელი 2035 წელია... ამაზრზენი, განუკურნებელმა ვირუსმა გაანადგურა ხუთი მილიარდი ადამიანი, ანუ მსოფლიოს მოსახლეობის 99%. გადარჩენილები იძულებულნი არიან იცხოვრონ მიწისქვეშეთში. კრიმინალი ჯეიმს კოული ნებაყოფლობით ეწევა სახიფათო მოგზაურობას დროის მანქანაში. მან უნდა დაბრუნდეს დრო, რათა დაეხმაროს მეცნიერებს ამ საშინელი ვირუსის წყაროს პოვნაში და საიდუმლოებით მოცული "თორმეტი მაიმუნის" საიდუმლოს ამოხსნაში.
ამ ისტორიის მოქმედება ვითარდება პარალელულ განზომილებაში, მთავარი გმირები – თოჯინებია, რომლებიც ცდილობენ პოსტ–აპოკალიპტურ სამყაროში გადარჩენას. მთავარი გმირის სახელია "9". ის ლიდერის თვისებებს ავლენს, რომლებიც ყველას ცოცხლად გადარჩენაში უნდა დაეხმაროს.