Shizuku egy álmodozó kamaszlány, aki hogy kiszakadjon a mindennapok szürkeségéből, szabadidejét a könyvtárban tölti. A kölcsönző-kártyákon különös dologra lesz figyelmes: az általa kivett könyveket egytől-egyig kikölcsönözte már előtte egy Amasawa Seiji nevű fiú. Shizuku kíváncsi lesz, hogy ki lehet a titokzatos olvasó, s kutatása közben nemcsak a szerelemre talál rá, de megvalósítja régi álmát, és ír egy történetet.

Főhősünk még csak tíz éves, de már majdnem biztos benne, hogy a Mikulás nem létezik és a karácsony csak a szülők trükkje, amikor az éjszaka közepén, hatalmas robajjal csillogó fekete vonat áll meg közvetlenül a házuk előtt. A kalauz azt mondja, egyenest érte jöttek. Miután hitetlen hősünk habozva felszáll, a Polar Expressz pöfögve megindul: apró, pizsamás utasaival az Északi-sarkra, hogy részesei lehessenek annak az ünnepi pillanatnak, amikor a Mikulás a manók jelenlétében átadja az általa választott gyermeknek az első karácsonyi ajándékot.