Где-то в Токио расположена обычная с виду комната, где находится чёрная сфера под названием Ганц. Время от времени в комнату телепортируются люди, которые должны были умереть в тот самый момент. Сфера снабжает их оружием и спецкостюмами и отправляет на смертельно опасное задание: убивать пришельцев, обосновавшихся на Земле, о чём обычные люди не догадываются. С заданий возвращаются не все.
Из разных деревень начали пропадать ниндзя с модифицированным геномом. Подозрения пали на Страну Огня. По приказу Цунадэ, Какаши решил пожертвовать собой, дабы предотвратить намечающуюся войну. Специальные колокольчики Какаши, оставленные у Наруто, помогают тому вспомнить самый первый урок сэнсэя, что подталкивает Узумаки во что бы то ни стало, сражаясь и с друзьями, и с противниками, вернуть наставника «Команды №7», заставляя поверить в себя тех, кто унаследовал Волю Огня.
Фильм берёт своё начало после того, как Такато получает дигимона по имени Гилмон. Мальчик, собираясь на отдых в Окинаву, берёт с собой своего цифрового друга. Там, в Окинаве, они знакомятся с ещё одним укротителем — Минами. Пока друзья отдыхали на пляже, в Японии популярный компьютерный питомец превратился в вирус, заразивший большое количество компьютеров. Такато, выясняя причину такого внезапного заражения, постарается понять, почему другие дигимоны относятся к Гилмону враждебно и связан ли он с происходящим.
После окончания сериала проходит совсем немного времени. Боевые действия прекращены. Считают, что Юрико и Акито пропали, или даже погибли. Обновленный Надесико занимается патрулированием, у него новый капитан (который до этого был штурманом). Несмотря но окончание войны оружие не пылится – после войны развелось огромное количество террористов и преступных организаций. Одна из них является очень сильной – им удалось найти новую технологию перемещения в пространстве любых объектов на любые расстояния. Самым странным является то, что технология связана с Юрикой и Акитой.
Говорят, что сотни лет назад Страж Ауры – Аарон – использовал силу Древа Начала, чтобы остановить великую битву. Теперь во дворце Камарон собираются жители города на фестиваль в честь этого героя. И Эш с друзьями пришли как раз вовремя! Эш и Пикачу принимают участие в турнире и побеждают! В этом году Эш становится почётным Хранителем Ауры. Но, когда Эш и Пикачу начинают отмечать победу, появляется Легендарный Покемон психического типа Мью и уводит Пикачу! И это только начало. Ведь пробуждается Покемон Стража Ауры Лукарио и отправляет Эша на поиски Древа Начала.
Очередная угроза снова объявилась в Реальном мире! И на этот раз это Локомон — дигимон-поезд, спешащий попасть к порталу в Цифровой мир. Укротителям придётся в очередной раз спасти мир, а также успеть отпраздновать самый важный день не только для одного человека, но и для всей команды — день рождения Руки.
Сатоши и его друзья отправляются в Ларусс, где они встречают мальчика по имени Тоои, который после перенесённой четыре года назад психологической травмы боится покемонов. В это время полностью оправившийся после боя Деоксис атакует Хоэнн, установив барьер вокруг города и похищая людей. Покемон по имени Рейкваза, живущий в озоновом слое Земли, приходит, дабы одолеть его.
Старение населения - проблема, с которой столкнулся весь цивилизованный мир. Огромные деньги тратятся на всевозможные приспособления, которые помогают инвалидам и пожилым людям жить, а также на оплату услуг сиделок и медсестер. Престарелый инвалид Такарадзава становится «подопытным кроликом» для испытаний новой робосиделки. Кажется, что «Z-001» - идеальная сиделка и медсестра, будущее мировой геронтологии. Однако изначально он создавался как оружие, как броневой меха-скафандр, читающий мысли пилота. И, отвечая на неосознанное желание Такарадзавы, «Z-001» превращается в боевую машину. Только один человек с самого начала сомневался в успехе «Z-001». И теперь только она, студентка Харуко, бывшая сиделка Такарадзавы, может остановить робота, исполняющего волю его подсознания...
Эш Кетчум, Мисти и Брок берут небольшой перерыв и они временно отдаляются от сражений между тренерами покемонов отправляясь в город, отпустив своих покемонов погулять. Пикачу быстро подружился с двумя местными покемонами Пичу и начинает с ними игру кошки-мышки. Отлучившись, вместе с остальными двумя, Пикачу сам того не замечая, попадает в скрытое святилище, полное различными покемонами. Однако, этим троим угрожает опасность, возможно Пикачу и его новым друзьям придётся объединиться с остальными покемонами, чтобы выжить.
Космические пришельцы расы Вирас отправляют к земле свой космический корабль. Их цель — захватить и колонизировать нашу планету, но её защитница суперчерепаха Гамера расправляется с захватчиками и уничтожает их корабль. Тогда пришельцы отправляют к Земле второй звездолёт, который цепляет к Гамере устройство контроля мозговых волн и берёт в заложники двоих бойскаутов. Только у них получится разрушить планы коварных захватчиков.