Stark, erbarmungslos, blutrünstig: Zur Zeit der industriellen Revolution hat ein Virus die Menschen im feudalen Hinomoto in Kabane, lebende Leichen, verwandelt. Die Überlebenden haben sich in Bahnhöfen verschanzt, die nur durch gepanzerte Zugfestungen erreicht werden können. Als eines Tages eine Dampflok voller Kabane in den Bahnhof Aragane rast, infiziert sich ein Großteil der Bevölkerung durch die Bisse der untoten Monster. Auch Dampfschmied Ikoma wird von einem Kabane angefallen, kann den Virus dank seiner eigenen Nachforschungen jedoch aufhalten. Nun ist er halb Kabane, halb Mensch: ein sogenannter Kabaneri! Gemeinsam mit der starken Mumei, die ebenfalls eine Kabaneri ist, kann er in der Eisernen Festung entkommen. Doch auch der Yashiro-Bahnhof, die nächste Station auf der Fahrt nach Kongokaku, sendet kein Signal zurück …
Biba Amatori, der Anführer des Bunds der Jäger, entpuppt sich als Mumeis „großer Bruder“. Obwohl er als Held gefeiert wird, der überall im Land gegen die Kabane ins Feld zieht, ist Ikoma wenig begeistert und vermutet, dass Biba irgendetwas im Schilde führt. Im Bahnhof Iwato, der letzten Festung vor Kongokaku, ist man ebenfalls skeptisch. Und tatsächlich: Als man sich entschließt, den Bund der Jäger zu empfangen, endet der Besuch in einem Blutbad – und einer Invasion der Kabane. Auf dem Weg zum Sitz des Shoguns beginnen sich nun auch die anderen zu fragen, welches Ziel Biba eigentlich verfolgt. Denn wozu hält er eine Horde Kabane in einem Waggon der Triumphierenden Festung gefangen? Und was genau hat er mit Mumei vor? Wird es Ikoma doch noch gelingen, sie aus den Fängen ihres Bruders zu befreien?
Moshimo, Japan. Das jährliche Feuerwerksfestival steht kurz bevor und eine Gruppe von Schuljungen, die sich darüber streiten, ob sie aus verschiedenen Blickwinkeln betrachtet rund oder flach sind, macht sich auf den Weg, dies herauszufinden.