Muistinmenetyksestä kärsivä Bourne on jättänyt väkivaltaisen menneisyyden taakseen ja elää tavallista elämää Marie-tyttöystävänsä kanssa. Suunnitelmat rauhallisesta elämästä romuttuvat, kun hän joutuu salamurhayrityksen kohteeksi. Tuntemattoman vihollisen jahtaama Bourne todistaa, ettei hän ole helppo kohde ja ettei hänen taitojaan ja sitkeyttään kannata aliarvioida.
Umbrella Corporation on yksi maailman suurimmista biotekniikan ja lääkealan yrityksistä. Mutta syvällä maan alla, huippusalaisessa Pesäksi kutsutussa laboratoriossa tehdään kaikkien tuottavinta työtä, geenitutkimusta ja biologisia aseita. Mutta jotakin menee pahasti pieleen - tarttuva ja tappava virus pääsee laboratorion ulkopuolelle. Sen leviämistä yritetään estää lähetämällä kommandojoukot alas laboratorioon eristämään virus. Heillä on vain kolme tuntia aikaa. Perillä he huomaavat, että virus on jo ehtinyt muuttaa kaikki Pesään jääneet epäkuolleiksi. Suurin ongelma ei olekaan enää vain tikittävä kello, vaan vastassa olevat verenhimoiset zombiet ja Pesää vartioiva tekoäly - ja ne tekevät kaikkensa tappaakseen...
Edellisen osan tapahtumat liittyvätkin olennaisesti uuden sarjakuvasaippuaoopperan juoneen.Viime jaksossahan sekä sankarin tyttöystävä Mary Jane että paras kaveri Harry Osborn saivat tietää, että Peter Parker on Hämähäkkimies. Tämä tuo vähän lisämielenkiintoa kolmososan juoneen, joka keskittyy ennen kaikkea Hämiksen ja hänen naisensa rakoilevaan suhteeseen. Hyvin ei mene kaveririntamallakaan: Harry kantaa kaunaa Peterille isänsä, Vihreän menninkäisen, kuoleman takia ja muuttuu itsekin superkonnaksi.Avaruudesta pudonnut organismi muotoutuu suhdesopan keskellä Hämähäkkimiehen uudeksi mustaksi puvuksi. Sen myötä nössö-Peter muuttuu kovikseksi, joka keimailee kadulla jokaiselle vastaantulevalle naiselle ja kukkoilee jazz-klubilla elokuvan toisessa (!) musikaalikohtauksessa. Tässä vaiheessa avaruusmönjä on ottanut valtaansa myös elokuvan tekijät tai sitten näiltä on muuten vaan karannut mopo käsistä. Muilta osin filmin huumori onneksi toimii.
Jos voisit samalla kertaa peitota Kolumbian voimakkaimman huumeparonin ja tehdä itsestäsi ja kavereistasi miljonäärejä, tarttuisitko tilaisuuteen? Tähän kysymykseen vastaa myöntävästi Santiago Garcia, joka on monta vuotta käynyt tuloksetonta taistelua Kolumbian huumekartelleja vastaan. Kun Garcia saa tietoonsa huumeparoni Lorean piilopaikan, hän näkee mahdollisuuden ryöstää tämän kymmenien miljoonien dollareiden käteisvarasto. Suunnitelman toteuttamiseen hän pyytää avukseen entiset armeijatoverinsa. Kaverit pitää ehkä huijata paikalle, mutta valinnan hetkellä hekään eivät osaa olla tarttumatta tilaisuuteen. Kun viisi sotilasta lähtee liikkeelle riskialttiin suunnitelman kanssa, vailla minkään valtion tai viranomaisen siunausta, ei kaikki ehkä tule sujumaan kuin rasvattu.
Frankie on nuori mies, joka on pakomatkalla Etelä-Lontoon pahvilaatikkogetosta aikomuksenaan päästä Costa Del Solille viettämään makeaa elämää. Hänen ainoa matkatavaransa on käteistä täynnä oleva rasia, joka hänen pitää viedä sliipatulle playboylle ja entiselle rangaistusvangille, Charlielle. Homma ei voi kuin mennä pieleen. Ja niin se meneekin. Silmänräpäyksessä Frankien elämä on päälaellaan, hänestä on tullut joukon jäsen, ja pikkuhiljaa hänet imaistaan siihen loisteliaaseen ja väkivaltaiseen elämäntapaan, jota kutsutaan järjestäytyneeksi rikollisuudeksi.
Manhattanilla liikkuu sarjamurhaaja, joka valitsee kohteikseen oikeusjärjestelmän porsaanreikien läpi pujahtaneita rikollisia. Murhaaja jättää jokaisen kylmenneen ruumiin viereen johtolangan motiiviin: nelisäkeisen runon, joka perustelee murhan oikeutetuksi tapoksi. Salaperäinen tappaja aikoo tehdä sen, mihin poliisit eivät pysty omin voimin - siivota kaupungin kadut pahantekijöistä lopullisesti. Kokeneet etsivät Turk ja Rooster kutsutaan tutkimaan tapausta, joka saattaa hyvinkin olla mutkikkain rikosvyyhti heidän 30-vuotisella urallaan työparina. Turk ja Rooster seuraavat vähäisiä johtolankoja värväten avukseen huumediileri Spiderin, mutta pian jahdissa tapahtuu täyskäännös: epäilty saattaakin löytyä omien joukosta.
Menetettyään vaimonsa järkyttävässä auto-onnettomuudessa Luke Gibson (Oscar-voittaja Cuba Gooding, Jr., paras mies-sivuosa elokuvassa Jerry Maguire - elämä on peliä, 1996) herää sairaalassa ja havaitsee, että hänen idyllinen elämänsä on tuhon partaalla. Hän kärsii oudoista näyistä ja muistinmenetyksestä. Gibsonille on asennettu aivoimplanttina kuolettava mikrosiru, ja hän on tarkkailun alla Hope Industries -yhtiön johtajan (Val Kilmer) toimesta.Selvitäkseen hengissä, hänen ainoa mahdollisuutensa on ryhmä lainsuojattomia hakkereita, jotka tietävät miten vaarallinen yhtiö saadaan pysäytettyä ennen kuin se on liian myöhäistä.