Po sérii jaderných pokusů v Tichomoří se z moře vynořuje zmutovaný tvor, Gojira. Při střetu s civilizací se projeví destruktivní podstata padesátimetrového monstra, vytvořeného nesmyslnou činností člověka. Za cenu osobní objeti mladého vědce je Gojira na konec zničena. Film je obžalobou a přímou reakcí na testy jaderných zbraní, bez ohledu na okolní svět, ale taktéž polemikou mezi zodpovědností vědy, armády a obecnými zájmy obyčejných lidí. Toto dílo je počítáno mezi nejzásadnější díla japonské kinematografie. Svou filozofií a celkovým vyzněním,konflikt vědy a pokroku s morální odpovědností, ho lze přirovnat k dílům K.Čapka, jako jsou Krakatit nebo Bílá nemoc. Další,následující, filmy s Gojirou a jinými monstry, jsou pouze komerční podívanou a s morálním odkazem tohoto filmu nemají zhola nic společného.
Organizace spojených národů zřizuje v roce 1992 tzv. Centrum Obrany (UNGCC), které má za úkol zastavit Gojiru jednou provždy. Podaří se jim vytáhnout z moře pozůstatky Mecha-Kinga Ghidoraha a vytvoří z něj dva nové stroje. Tím prvním je létající bojový člun Garuda, druhým Mekagojira. O dva roky později tým japonských vědců přijíždí na ostrov Adona v Beringově moři, kde naleznou velké vejce. Předpokládají, že se jedná o vejce pteranodona a odvezou je do výzkumného centra v Kjótu. Vejce ovšem dokáže vyvolávat telepatický signál, který přitáhne pozornost jak Rodana, tak i Gojiry. Oba totiž touží po obsahu vejce. Při cestě začnou ničit vše, co jim přijde do cesty. UNGCC musí urychleně povolat do zbraně Mekagojiru i Garudu jinak z Kjóta zbydou jen samé trosky.
Lidstvo nalezne na moři obří vejce a následně ho odveze do Japonska. Od dvou víl se vědci dozvědí, že vejce pochází ze vzdáleného ostrova, kde vládne jistá Mothra. Jakmile se do Tokia vrátí stará známá Godzilla, vědci neváhají a odjedou na ostrov přemluvit Mothru, aby zničila Godzillu. Mothra jim vyhoví a odletí do Tokia zabít Godzillu. Godzilla však Mothru porazí a Japonsko nasadí do boje tanky. Ani ty však Godzillu nezastaví. Víly proto zařídí, aby se z vejce vylíhly larvy Mothry dříve. Stalo se tak a dvě larvy Mothry se vydaly zničit Godzillu. Pomstí svou matku?
Ponorka narazí do plovoucího kusu ledu do kterého byla Godzilla (Gigantis) v předchozím dílu zasypána. Jakmile to zjistí armáda, vyšle proti Godzille rakety a letadla, ale Godzillu to nezastaví a půjde dál na Tokio. Mezitím je nalezen na tropickém ostrově lidoop, kterému místní domorodci říkají King Kong. Poté, co zničí obrovskou chobotnici, je polapen a odvezen z ostrova, protože vědci věří, že on je jedinou nadějí na záchranu Tokia. Godzilla mezitím začne pustošit celé Japonsko a při prvním setkání Konga zažene do města. King Kong tam najde ženu, do které se zamiluje a začne město ničit (s ní v ruce). King Konga nakonec polapí a odvezou ke Godzille. Začne největší souboj nejslavnějších obřích monster.
V útulném newyorském klubu probíhá párty na rozloučenou. Jejím aktérem je Rob, který se rozhodl dát sbohem městu přezdívanému Big Apple a odjet pracovat do Japonska. Zábava je v plném proudu, digitální kamera snímá rozjařené tváře Robových přátel, jenže pak vše razancí blesku přeruší výpadek proudu a zlověstný neidentifikovatelný zvuk, který se rozléhá nad městem. Dodávka elektřiny se sice po chvíli obnoví, ale úleva je jen dočasná…
Druhý díl slavné Godzillí série. V tomto filmu se kromě ničení Tokia musí Godzilla utkat s jejím prvním a nejčastějším protivníkem Anguirem. Konec filmu připravuje půdu pro opravdový souboj titánů Godzilly a King Konga.