Suzume átlagos 17 éves diáklány egy japán kisvárosban. De egy nap találkozik valakivel, és attól kezdve semmi sem átlagos, ami vele történik. Az ő dolga lesz, hogy megküzdjön a föld alatt élő istenekkel, és megakadályozza, hogy az országszerte létező portálok valamelyikén keresztül a felszíni világba jusson a féreg, amely a földrengéseket okozza. Lehetetlen? Mesebeli? Ilyen tuti nincs? Eddig ő is így gondolta. De megismerkedik a jóképű sráccal, Szótával, akiről nemsokára kiderül, hogy különleges feladata van: ő egy Záró, akinek ki kell üldöznie ebből a világból a gonosz isteneket. Suzume új barátja társaságában bejárja Japánt, és egyre több támadást kell visszaverniük. Miközben új tájakon járnak, új emberekkel ismerkednek meg, evilági és túlvilági veszélyeket küzdenek le, a lány rájön, hogy nem véletlenül keveredett bele ebbe a kalandba. Talán járt már valaha az egyik titokzatos ajtó túloldalán…
A második rész a NERV sarkvidéki bázisán, a Bethany Base-en kezdődik. Rögtön az anime elején megismerhetjük az új szereplőt, Makinami Mari Illustrious-t, az új EVA UNIT-05 pilótáját, aki a bázis alatt harcol a Harmadik Angyal ellen. Eközben Japánban Ikari Shinji édesanyja sírját látogatja meg apjával. Útközben hazafelé Misatóval értesülnek a Hetedik Angyal támadásáról, miközben a UNIT-02 légi úton megérkezik Németországból, és rögvest felveszi a harcot az Angyallal. Pilótája a Second Children, Shikinami Asuka Langley százados. Vele egyidőben Ryoji Kaji is megérkezik
Egy kilencéves kislány egy Oink nevű malacot kap ajándékba a nagyapjától.
A Tiszta Lelkek Városában járunk, ahol a 12. osztag kapitánya és egyben a Shinigami Kísérleti Intézmény elnöke, Kurotsuchi Mayuri egy új találmányon dolgozik, miközben egy rejtélyes idegen lesújt rá bíborvörös kaszájával. A kapitánynak ezt követően elmegy az esze és megtámad mindenkit, aki az útjába kerül, valamint ezzel egy időben a merénylő rossz célokra felhasználva a kísérletek eredményét elindít egy pusztító folyamatot a Tiszta L. Városa ellen, mely a közrezárt területek egyharmadát elpusztítja. Az eseményeket követően feltűnik a sorozatunk egyik kulcsszereplője, Kuchiki Rukia, aki előtt szintén megjelenik egy különös női alak, majd a korábbi kaszás férfi, akinek ezennel ő is áldozatul esik, mindezek tetejében még el is rabolják. Eközben főhősünk, Kurosaki Ichigo nyugodt mindennapjait tölti az emberek világában, aki megérzi, hogy történt valami Rukiával.