Marnien tarina sijoittuu Japanin pohjoiselle Hokkaidon saarelle. 12-vuotias Anna on tätinsä talossa asuva ujo orpotyttö. Yhtenä iltana Anna löytää aution rantahuvilan, jonka ikkunassa vilahtaa hahmo. Kun tyttö nimeltä Marnie eräänä yönä hiipii ulos huvilasta, alkaa ainutlaatuinen ystävyys.

Haamutohtori James Harvey saapuu tyttärensä Katin kanssa vanhaan vetoisaan Whipstaff Manor-linnaan. Sen ahne omistaja Carrigan Crittendon, on palkannut tohtori Harveyn karkottamaan linnan näkymättämät asukit: ystävällisen mutta yksinäinen Casper-haamun, jonka ainoa toive on löytää ystävä ja hänen skandaalimaiset setänsä Stretchin, Stinkien ja Fatson ("Haamutrio"). Jos suunitelma onnistuu, Carrigan ja Dibs pääsevät käsiksi linnan myytinen täyteisen aarteeseen. Sillä vällin Casper on saanut Katista ystävän, mutta Haamutrio ei suvaitse "lihallisia" talossaan…

Jack Lawrence on aina avulias mutta ei niin pyyteetön lakimies. Putley on tuntematon kirjailija ja tunnettu typerys. Miehillä ei ole mitään yhteistä, kunnes he lähtevät etsimään karannutta teinipoikaa, jota kumpikin luulee omakseen.