توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانه‌ای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شب‌ها هکری تحت عنوان نئو. نئو همیشه به دنبال فهمیدن حقیقت زندگی‌اش بوده است، اما حقیقت خارج از تصور اوست. او با یک هکر افسانه‌ای بنام مورفیوس که توسط دولت بعنوان تروریست شناخته شده، ارتباط برقرار می کند، و به همین خاطر تحت تعقیب پلیس قرار می گیرد. مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند، یک سرزمین بایر و ویران، جایی که ذهن اکثر انسان‌ها توسط گونه‌ای از ماشین‌ها، در ماتریکس اسیر شده است. اکنون نئو باید بعنوان یک شورشی در دنیای ماشین‌ها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند، ابر برنامه‌های قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام شورش انسانی را سرکوب کنند.
لس‌آنجلس. گروهی تروریست اداره‌ی مرکزی جدیدالتأسیس یک شرکت ژاپنی را تصرف میکنند و مهمانان شرکت کنندگان در مهمانی شب سال نو را به گروگان می‌گیرند. در این جا «جان مکلین» (ویلیس) پلیس نیویورکی، نبردی یک تنه را علیه مهاجمان آغاز می‌کند.
موجود فضایی بیگانه ای به نام «ئی.تی.» از سفینه ی فضایی اش که در جنگلی در حومه ی لس آنجلس فرود آمده، جا می ماند و در حیاط خلوت خانه ای پناه می گیرد که در آن «الیوت» ده ساله زندگی می کند. خیلی زود «الیوت»، «ئی. تی.» را می بیند و دوستی و اعتمادش را جلب می کند.
یک نوجوان دبیرستانی خجالتی و ترسو بعد از اینکه توسط یک عنکبوت جهش یافته گزیده می‌شود، خصوصیاتی همانند عنکبوت‌ها در بدن خود مشاهده می‌کند. بعد از حادثه غم انگیزی که برای خانواده‌اش رخ می‌دهد، او تصمیم می‌گیرد از این توانایی‌های منحصر به فردش، همانند قهرمان‌ها در مقابل انسان‌های شرور استفاده کند.
«پیتر پارکر» (مگوایر) خود را از فعالیت‌های نجات بخش کنار کشیده و با زحمت درسش را در دانشگاه کلمبیا ادامه می‌دهد و کماکان به عنوان عکاسی نیمه وقت برای روزنامه‌ی «دیلی با گل» کار می‌کند. تا این که ناچار می‌شود برای مقابله با تهدیدات دانشمند دیوانه‌ای به نام «دکتر اکتاویوس» (مولینا) وارد عمل شود...
یک افسر پلیس به یک سازمان مخفی می‌پیوندد که حفظ نظم کرده و بر تعاملات فرازمینی‌ها بر روی زمین نظارت می‌کند.
«جان کنستانتین» به خاطر ارتباطش با موجودات ماورای طبیعی شهرت دارد. او به خاطر خودکشی یک بار به جهنم رفته است ، اما دوباره به زندگی بازگشته تا شاید با انجام اعمال خوب ، جایی در بهشت برایش پیدا شود. او بعد از داخل شدن در یک سری از ماجراها ، درمی یابد که شیاطین قصد دارند با شکستن محدودیت‌ها به دنیایی انسان‌ها وارد شوند و…
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
یک گروه آمریکایی که به طمع به دست آوردن پول و ثروت به مصر آمده بودند تا به دنبال شهر گمشده هامونوپترا بگردند، ناخواسته یک مومیایی را بیدار میکنند که باعث می شود...
موجودات فضایی به زمین می آیند و تنها هدفشان نابودی و غارت است...
صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.
«پیتر پارکر» (مگوایر) هنوز برای روزنامه‌ی «دیلی باگل» کار می‌کند و هنوز آماده است تا در هیئت «اسپایدر من» به کمک مردم بشتابد. تا این که یک توده‌ی سیاه رنگ ماورای زمینی خود را به بدن او می‌چسباند و «پیتر» را متوجه نیمه‌ی تاریک وجودش می‌کند. به این ترتیب یک «اسپایدر من» خشن و بی رحم پا به عرصه می‌گذارد...