Fondée dans les années 50, l'Eglise de Scientologie s'est développée au fil des années pour devenir l'une des sectes les plus secrètes et les plus puissantes des Etats-Unis. A travers les témoignages de huit anciens scientologues, dont le réalisateur et scénariste Paul Haggis, le documentaire permet de comprendre le fonctionnement de cette véritable machine à endoctrinement, qui parvient à isoler et à asservir ses sujets. Les récits de ces membres repentis montrent combien, dépourvus de leur libre-arbitre, ils étaient prêts à tout pour suivre à la lettre une doctrine imposée par David Miscavige, leader omnipotent de la secte...

Chili, 1973. Le Général Pinochet s’empare du pouvoir par la force. Les opposants au coup d’État descendent dans la rue. Parmi les manifestants, un jeune couple, Daniel et Lena. Daniel est arrêté par la nouvelle police politique. Il est conduit dans un camp secret, caché dans un lieu reculé au sein d’une secte dirigée par un ancien nazi. Une prison dont personne n’est jamais sorti. Pour retrouver son amant, Lena va pourtant rentrer dans la Colonia Dignidad.

Jeune journaliste d'investigation, Mélanie est préoccupée : son amie Haley a disparu dans la région d'Idyllwild, non sans avoir préalablement envoyé un étrange message. A Idyllwild, Mélanie découvre l'existence d'une communauté, l'«Ascension Family Commune», implantée dans une ferme. Haley aurait-elle succombé aux sirènes de la secte ? Pour en avoir le coeur net, Mélanie, sous le nom de Mary, intègre la communauté. Elle s'aperçoit bientôt que toutes les jeunes femmes sont sous l'emprise de Brent, leur gourou, aussi séduisant qu'inquiétant. En cherchant des informations sur Haley, Mélanie risque fort de se mettre en danger...