Ένας ηλικιωμένος γραφειοκράτης προσπαθεί να βρει νόημα στη ζωή του, όταν πληροφορείται ότι σύντομα θα πεθάνει από καρκίνο.
19ος αιώνας. Ο υπερόπτης και περήφανος Δρ Νομπόρου Γιασουμότο μόλις αποφοίτησε κι αναγκάζεται να εργαστεί σε μια μη-κερδοσκοπική κλινική, υπό τον Δρ Νιίμπε. Ο Δρ Νιίμπε, γνωστός κι ως κοκκινογένης, εφαρμόζει μια μοναστική ζωή στους υπαλλήλους του, κάτι που θα επηρεάσει τον Νομπούρο. Θα μάθει την αληθινή αξία τού να είσαι γιατρός και πως οι ασθενείς είναι άνθρωποι με δικά τους προσωπικά προβλήματα.
Το «Γυμνό Νησί» είναι απ’ αυτές τις ταινίες που σε αφήνουν άφωνο. Φτιαγμένη από εικόνες απίστευτης ομορφιάς, (με κάδρα που το καθένα είναι και μια αριστουργηματική φωτογραφία), γεμάτη λεπτομέρειες που αιχμαλωτίζει η κάμερα και σε αναγκάζει να τις προσέξεις: ένα καβουράκι που τρέχει πάνω στην άμμο, ένα κουκουνάρι που ξεβράζει το κύμα, δυο πεταλούδες που φλερτάρουν την άνοιξη. To Γυμνό Νησί είναι αυτό ακριβώς που λέει κι ο τίτλος του: ένα νησί έρημο, όχι πολύ μακριά απ’ την ακτή (στο αρχιπέλαγος του Satonaikai), που κατοικείται μόνο από μια οικογένεια χωρικών. Άνθρωποι ήσυχοι, σιωπηλοί και αξιοπρεπείς, που αγωνίζονται να καλλιεργήσουν την ξερή γη στις πλαγιές του λόφου, υπομένοντας αδιαμαρτύρητα όλη την ταλαιπωρία, με τέτοια καρτερικότητα που σε εξοργίζει. Δύσκολη ζωή, αλλά «η δικιά τους ζωή». 1960. Σε μια Ιαπωνία μεταπολεμική που προσπαθεί να κλείσει πληγές, όλος αυτός ο μόχθος δεν ήταν τίποτα, τουλάχιστον μπροστά στις απειλές που είχαν μέχρι τότε πάνω από τα κεφάλια τους.
Στην Ιαπωνία του 16ου αιώνα, ένας στρατιωτικός δολοφονεί τον τοπικό άρχοντα, παρακινούμενος από την προφητεία μιας μάγισσας και ανεβαίνει στο θρόνο. Εστεμμένος πλέον, ανοίγει έναν κύκλο αίματος προκειμένου να κρατηθεί στην εξουσία. Η απληστία τον τυφλώνει, τα εγκλήματα συνεχίζονται για τη διατήρηση της εξουσίας, χωρίς όμως ο ήρωας να συνειδητοποιεί ότι απεργάζεται την αυτοκαταστροφή του.
Οι ιστορίες των έξι στρατιωτών που απαθανατίστηκαν να υψώνουν την αμερικανική σημαία στην ιαπωνική νήσο Ίβο Τζίμα κατά τη διάρκεια του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου και συγκίνησαν ένα ολόκληρο έθνος.
Οι αστυνομικοί ντετέκτιβ Νικ Κόνκλιν και Τσάρλι Βίνσεντ από τη Νέα Υόρκη μπλέκονται σε πόλεμο συμμοριών της Γιακούζα, της Ιαπωνικής Μαφίας. Συλλαμβάνουν έναν ιάπωνα επαγγελματία δολοφόνο Σάτο και διατάσσονται να τον συνοδέψουν πίσω στη χώρα του και να τον παραδώσουν στις ιαπωνικές αρχές. Τα πράγματα παίρνουν απρόβλεπτη τροπή όταν ο Σάτο κατορθώνει να δραπετεύσει στο αεροδρόμιο της Ιαπωνίας. Αποφασισμένοι να τον συλλάβουν, οι δύο αμερικανοί αστυνομικοί παραμένουν στη χώρα και εξαπολύουν ένα αμείλικτο κυνηγητό εναντίον του Σάτο. Παρόλα αυτά, οι ρόλοι θ’ αλλάξουν: ο Κόνκλιν και ο Βίνσεντ θα γίνουν στόχοι της περίφημης Γιακούζα...