Un vétéran souffrant de troubles post-traumatiques doit traquer des criminels et sauver son enfant malade.

L'histoire commence à Paris, alors que Marie-Rose est assise sur la pointe d'un croissant de lune. La lune la dépose sur les toits, Marie-Rose rencontre les Pierrots de Paris puis Luciole qui voudrait retourner sur son île aux papillons. Marie-Rose l'emmène en voyage dans un carrosse en forme d'escargot, jusqu'à l'île aux papillons puis à la Planète Merveilleuse où elle rejoignent le Chat botté au château de Chabord, où un grand bal est organisé en l'honneur de la venue de Marie-Rose

Un soir, dans un petit village d'Alsace, un petit groupe d'enfant dit au revoir à son professeur. Arrive alors dans le ciel Marie-Rose et la cigogne Francette. Pour qu'ils ne soient pas tristes, Marie-Rose décide d'emmener les enfants dans La Forêt magique. Mais les enfants ne savent pas voler. Marie-Rose décide donc d'aller demander de l'aide au géant Balthazar qui lui prête son soulier. De retour en Alsace, Marie-Rose emmène tous les enfants du village dans La Forêt magique où ils rencontrent les amis de Marie-Rose mais aussi la terrible Pie Jama et son amie la sorcière Piranha. Plus tard, Marie-Rose décide de se rendre à Animauville avant de ramener les enfants en Alsace.

L'action se déroule sur une île imaginaire baptisée l'Île Flottante, située entre l'Angleterre et la France. Sur la place du village, la statue du commandant Jean Bobine veille sur les habitants. Pourtant, une pieuvre géante terrorise les villageois. Le monstre détient Marie-Rose. N'écoutant que son courage, Jean Bobine la délivre et la ramène sur l'île. Enfin en sécurité, Marie-Rose rejoint les enfants du village ainsi que ses amis. Elle parvient à se procurer la clé du grenier enchanté dans lequel elle emmène les enfants afin qu'ils s'amusent. Mais ils devront également libérer le grenier de l'araignée qui y a élu domicile.

Troisième volet de la franchise de films d'animation La Reine des neiges.