초심리를 연구하는 뉴욕의 괴짜교수 피터 밴크맨(빌 머레이)와 레이몬드 스탠드(댄 애크로이드), 에곤 스펜글러(해롤드 래미스)는 루이스(릭 모라니스)를 비서로 고용한다. 이는 뉴욕에 출몰하는 유령들을 잡기 위해서다. 루이스를 포함한 이들 네 명은 유령을 잡는 회사를 설립해 각색의 유령들을 잡아들이기 시작한다. 이들은 처음에는 주위의 멸시를 받았으나 어느 날 강한 악령의 힘이 살아나기 시작하면서 활동의 힘을 얻는다. 이들 '고스트 버스터즈'는 마침내, 뉴욕의 다나의 집에 출현해 거대한 빌딩 옥상에 버티고 있는 유령들의 총두목격인 '카쟈'를 만나게 되는데...

앨런은 아내에게 이혼을 당한 소심한 성격의 인물이다. 그의 친구인 딕과 그의 아내 린다는 앨런에게 여러 여자들을 소개시켜 보지만 앨런은 결국 린다와 사랑에 빠지고 만다.

고스트 헌터를 목표로 하는 주인공, 텐쿠지 타케루. 죽은 아버지가 보내온 수수께끼의 눈알 아이템 "고스트 아이콘(안혼)"을 손에 넣지만, 아이콘을 노리는 이세계의 괴물 "안마"에 의해 살해당하고 말았다. 소꿉친구인 아카리를 구하기 위해 싸울 결의를 다진 타케루는 불가사의한 선인의 힘에 의해 가짜 목숨을 받아 아이콘을 변신벨트 "고스트 드라이버"를 장비하여 "가면라이더 고스트"로서 되살아난다. 이 세계에 머무르는 것이 가능한 시간은 99일. 모으면 소원을 이뤄준다고 하는 "15의 위인"의 아이콘을 모아, 타케루는 이윽고 다가오는 세계의 운명을 좌우하는 싸움에 몸을 던지는 것이었다.

전작의 엔딩에서 악령들이 득실거리는 밀랍 인형 박물관을 불타오르고 주인공 마크와 세라는 모든 일이 끝났다고 안심하며 집으로 돌아가지만 그 둘이 모르는 사이에 스스로 움직이는 사람의 잘린 손(?) 악령이 박물관을 빠져나와, 세라의 집까지 쫓아가서는 그녀의 계부를 망치로 때려죽이는데 정작 피해자인 세라가 아버지 살인의 누명을 쓰면서 그 모든 오해를 풀기 위해 다시 차원을 넘어 시간을 뛰어넘는 여행을 하면서 벌어지는 이야기

여자를 헌팅하러 바다로 떠난 하늘, 찬홍, 수호는 신비로운 여성을 만나게 된다. 그리고 그날 밤, 한명씩 여성을 찾아 텐트를 한명씩 떠나고 돌아오지 않는데…