Do odlehlého jihoamerického přístavního města přijíždí potulný umělec, jehož šéf musí riskovat životy svých pilotů, aby získal významnou zakázku.

Při náletu těsně před koncem druhé světové války učiní pilot Tedy Stryker špatné rozhodnutí a zaviní smrt šesti členů své letky. Vina ho ničí a není schopen normálně žít a pracovat. Nakonec ho jeho žena Ellen i se synem opouští a letí do Vancouveru. Strykerovi se podaří chytit stejný let a marně se během večeře, kdy cestující i posádka mají na výběr maso či rybu, snaží přesvědčit svoji ženu k návratu. Ryba však byla zkažená a všichni, kdo ji měli k večeří, jsou v ohrožení života, včetně Strykerova syna. Posádka je v bezvědomí, a tak Stryker musí překonat své trauma a znovu se stát pilotem.

Film „Nákaza“ sleduje rychlé šíření smrtícího vzduchem přenosného viru, který nemocné zabíjí během několika dnů. S rychlým šířením epidemie se lékaři po celém světe snaží najít lék a minimalizovat paniku, která se šíří ještě rychleji, než samotný virus. V americkém Centru pro kontrolu a prevenci nemocí dochází k mobilizaci všech výzkumných pracovníků, kteří se snaží rozluštit kód unikátního patogenu, který neustále dále mutuje. Jak postupně narůstá počet mrtvých a lidé se v kolabující společnosti snaží ochránit sebe samotné a své nejbližší, jeden aktivista a blogger začne tvrdit, že veřejnost nedostává pravdivé informace o skutečném dění, čímž vyvolá epidemii paranoie a strachu stejně nakažlivou jako původní virus. Obyčejní lidé se zároveň snaží přežít ve společnosti, která se prakticky zhroutila.

Bývalá vojenská lékařka se ocitá ve smrtelně nebezpečném boji o přežití, když irská mafie převezme kontrolu nad nemocnicí, v níž pracuje. Když je její syn zajat jako rukojmí, je nucena spolehnout se na svou bojovou minulost a smrtící schopnosti poté, co si uvědomí, že už není nikdo jiný, kdo by mohl zachránit situaci, než ona.