갑자기 전 세계의 뛰어난 외모와 운동신경을 가진 여자아이들이 전염병처럼 사라져 간다. CIA는 이 사건을 수사하지만 곧 미궁에 빠지고 만다. 이 납치의 배후에는 여자아이들을 전문 암살범으로 훈련시키려는 마담 M이 숨어 있다. 그로부터 6년 후... 위치 추적이 불가능한 감옥 같은 곳에서 철저한 감시 속에 체력 훈련과 테러교육을 받아오던 아이들은 가장 강한 자만이 살아 남을 수 있는 프로그램에 투여되고 살아남기 위해 친구마저 죽음으로 몰아야하는 살인 병기로 키워진다. 프로그램에 살아남은 아이들은 마지막 시험 무대에 오른다. 사방이 가로막힌 철창 속에서 벌이는 죽음의 서바이벌 게임. 결국, 샬린(매기 큐), 캣(안아), 질(이행지)만이 살아남아 세계 최고의 암살자가 된다. 그리고 이들은 스페인과 필리핀, 홍콩 등지에서 각종 테러에 투입되고 마지막으로 홍콩에서 한 남자를 살인하라는 임무를 맡고 작전에 투입된다. 그러나 샬린은 그곳에서 오래 전 헤어진 엄마를 만나면서 충격을 받고, 이로 인해 CIA요원 잭(오언조)과 마주친다. 잭은 샬린의 과거를 되찾아 주고, 마담M을 제거하겠다고 약속하는데...

제2차세계대전 중인 1944년 말. 독일군의 라인강 방어선을 뚫고 독일 본토로 진격하기 직전인 미군은 독일군의 정보를 수집하기 위해 독일군 포로 2명을 스파이로 침투시키기로 결정하는데...

뉴저지의 한적한 전원 도시, 평범한 가정 주부이자 귀여운 딸의 엄마 그리고 유치원 교사이기도 한 사만다 케인(지나 데이비스)은 8년 전 자신의 과거를 전혀 기억하지 못하는 기억 상실증 환자이다. 크리스마스 분위기가 한창인 12월, 우연히 당하게 된 교통사고를 계기로 희미한 기억의 편린들이 사만다의 의식 속으로 떠오르고, 그녀는 왠지 모르는 불길함을 느낀다. 크리스마스 이브, 평화롭던 사만다의 집에 괴한이 침입한다. 구사일생으로 목숨을 건진 사만다는 엄습해오는 기억과 집안에서 벌어진 일련의 사태가 심상치 않음을 깨닫고, 사설 탐정 헤네시(새뮤얼 L. 잭슨)와 함께 직접 자신의 과거를 찾아 나선다. 계속해서 자신을 죽이려는 추격을 가까스로 피해가며 사만다는 자신이 찰리라는 이름을 가진, 고도의 살인 훈련을 방은 CIA요원이었다는 사실을 알게 된다. 외부 조직과 결탁한 CIA 고위층은 비밀을 알고 있는 사만다를 없애기 위해 끝까지 포기하지 않는데...

이디오피아의 공산군 점령지역에서 기아 난민 구호사업을 하는 영국인 의사 닉 칼라한 (클라이브 오웬 분)은 영국 기아 돕기 재단의 자선 파티장에 나타나 자선 사업가들의 위선을 질타하며 그들의 자각과 반성을 촉구한다. 재단 이사장의 며느리인 사라 조르단 (안젤리나 졸리 분)은 닉이 파티장에 데려온 이디오피아 소년의 참혹한 몰골에 충격을 받고는 자신의 저금을 털어 구호 물자를 구입하여 닉이 활동하는 이디오피아 캠프를 찾아간다. 그리곤 영국으로 돌아온 사라는 UN 산하 국제 난민 고등 판문 위원회 (UNHCR)에서 일하게 된다. 남편 헨리와 불화에 시달리던 사라는 닉의 동료로부터 연락을 받는다. 닉이 크메르 루즈 치하의 캄보디아에 난민 캠프를 열었는데 UNHCR (United Nations High Commissioner for Refugees) 의 명의를 이용, 구호물자 수송을 도와 달라는 것이었다. 그러자 그녀는 직접 물자를 수송하면서 캄보디아에 있는 닉을 다시 만나게 되고 마침내 둘은 운명적인 사랑에 빠진다. 그러나 닉은 그와 함께 하면 사라마저 위험하다며 그녀를 영국으로 다시 돌려 보낸다. 그러던 중, 닉이 체첸에서 활동하다가 반군에게 납치됐다는 소식을 듣고는 다시 죽음을 무릅 쓴 채 체첸으로 향하는데...

국가 비밀기관 OP의 특수요원인 중원과 장길은 최근 일어난 암살 사건을 수사 중이다. 제보를 약속한 무기밀매상 보스 임봉주가 눈앞에서 저격당하자, 둘은 저격 스타일을 보고 북한 특수요원 이방희가 활동을 재개했음을 안다. 북에서는 이방희의 특수교관이었던 박무영이 북한 특수 8군단과 함께 내려오고 유중원과 이장길은 최근의 암살이 국방부에서 개발한 CTX와 관련이 있다는 사실을 알게 된다. 이를 깨달은 둘은 국방과학 연구소로 향하지만 이미 박무영이 CTX를 탈취한 상태다. 항상 적은 한 발 앞서 OP의 상황을 알게되고 OP 내부에서는 서로를 의심하게 된다. 명현과 결혼을 앞둔 중원은 명현을 피신시키는데...

사이먼 템플러(Simon Templar: 발 킬머 분)는 변장의 명수인 전문 도둑이다. 그는 주문받은 물건을 깜쪽같이 훔쳐내서 막대한 금액의 사례금을 받는다. 세인트라는 별칭은 언제나 가톨릭 성자의 이름으로 가명을 만들기 때문이다. 사이먼이란 이름도 성경에 등장하는 '신의 권력을 사려고 시도했던 마술가, 시몬 마구스'에서 따온 것이고 템플러 역시 중세의 수도승 이름이다.(원작에서 세인트는 항상 성자 모양의 표식을 범죄 현장에 남기지만 영화에서는 등장하지 않는다.) 마지막 장면에서 러셀이 사이몬에게 남겨준 옷핀이 바로 세인트의 표식이고, 찾아헤맨 자아이다. 러시아의 야심가 트레티악은 세인트에게 한 여성 과학자의 공식을 훔쳐달라는 주문을 한다. 옥스퍼드 대학의 박사인 그녀는 세계의 에너지 부족을 완전히 해결할 수 있는 혁신적인 핵융합기술을 발견한 것이다. 공식을 빼내기 위하여 세인트는 박사에게 접근한다. 세인트는 무난하게 공식을 적은 메모지를 빼돌리지만 문제는 두 사람 모두 사랑에 빠졌다는 점. 놀라운 통찰력으로 세인트의 행방을 알아낸 러셀은 모스크바로 찾아간다. 세인트는 트레티악에게 메모를 넘겨주지만, 트레티악은 약속한 금액을 주지 않고 오히려 두 사람을 살해하려 하는데...

총알 택시 운전사 지미 통(성룡 분), 그의 환성적인 운전 솜씨를 눈여겨 보던 비밀 첩보국 CSA는 그를 최고의 비밀 요원 데블린의 개인 운전사로 스카웃한다. 하지만 데블린의 진짜 정체도 모른 채 그의 집으로 들어온 지미. 그저 백만장자에 적당한 여자나 꼬시며 인생을 즐기는 듯 보이는 데블린과 스스럼 없이 지내는데. 그러나 친구처럼 지내는 둘 사이에도 꼭 지켜야할 규칙은 있었다. 어느날, 데블린의 차가 정체 모를 폭탄 테러를 당한다. 지미를 구하고 중상을 입은 데블린. 의식을 잃어가며 지미에게 '턱시도'를 남기는데. 혼란스러운 지미. 어떨결에 턱시도를 입은 지미는 상상도 못한 국가 기밀을 알게 된다. 자신이 입은 턱시도가 바로 CSA가 자랑하는 세계 최고의 최첨단 비밀 병기라는 것. 그리고 특공무술에 스파이더맨 시범까지 제멋대로 움직이는 턱시도에 혼쭐이 난 지미에게 갑자기 본부로부터 비밀 지령이 떨어진다. 바로 전세계 식수 시장을 장악하려는 배닝의 음모를 파헤치라는 것. 위험천만한 첩보 세계에 뛰어든 지미 통, 그는 과연 세계를 구할 수 있을까?

플로리다 제도에서 베트남 난민의 시체를 가득 싣고 표류중인 배가 발견된다. 이 배는 U.N.소유로 판명되고, 잔혹한 대학살에 U.N.사무총장이 연루됐음을 보여주는 비디오까지 공개되면서 중국과 무역협정체결을 위한 정상회담을 준비하고 있는 U.N.은 최대의 위기에 몰린다. 이에 U.N.의 실질적인 권력자 훅스는 모든 것이 U.N.과 중국과의 무역체결에 반대하는 세력에 의한 음모라는 결론을 내리고 U.N. 최고의 비밀요원 쇼(웨슬리 스나입스)와 그의 팀을 불러들여 비밀리에 수사를 벌인다. 사건의 가장 유력한 용의자인 중국대사 윙을 조사하기 위해 쇼는 뉴욕의 연례파티에 참석하지만 윙이 예상치 못한 암살을 당하자 쇼는 암살범으로 몰려 경찰에 체포된다. 신분을 밝힐 수 없는 쇼는 이송 도중 탈출해 팀원들을 만나러 가지만 모두 살해당한 후였다. 쇼는 자신들의 작전을 모두 알고 있는 적에 맞서 홀로 싸운다.

모로코에서 미 CIA 요원이 마약 밀매에 관련되어 체포된다. 그러자 국회 상원의 특별위에서는 CIA 국장 로스(Ross: 찰스 듀닝 분)에게 이에 관해 해명할 것을 요구한다. 한편, CIA 국장 자리를 노리던 쿠퍼(Cooper: 다브니 콜만 분)는 기회를 놓칠세라 사방에 도청장치를 해놓고 로스의 일거일동을 감시한다. 그러나 맹한 쿠퍼보다 한발 앞선 로스는 이를 역 이용할 계략을 짠다. 이에 따라 로스의 부하 브라운은 공항에 나가 좀 모자라 보이는 리차드에게 다가가 쓸데없는 헛소리만 잔뜩 늘어놓고 줄행랑을 친다. 한편, 바이올리니스트로서 연주 여행을 다녀오던 리차드(Richard: 톰 행크스 분)는 짖꿎은 친구의 장난으로 구두 한짝을 잃어버리곤 한쪽에 구두, 한쪽에 빨간 운동화를 신고 셔츠 자락을 휘날리며 트랙을 내려오던 중이었던 것이다. 리차드가 미끼라는 사실을 까맣게 모르는 쿠퍼는 자신의 정보팀 요원들을 리차드에게 붙여놓고 끈질기에 괴롭힌다. 순진한 리차드는 아무것도 모르는 채 자신에게 접근해온 쿠퍼의 부하이자 미녀 스파이 매디(Maddy: 로리 싱어 분)와 그만 찐한 사랑을 하게 되는데.

스케이트 보드 타기를 가장 좋아하고, 여자 앞에서 한마디도 제대로 못하는 평범한 학생 '코디 뱅크'. 하지만 그에겐 가족 조차 모르는 비밀이 있다. 최고 기밀 기관에서 특수임무수행 능력을 훈련 받은 비밀 요원이라는 것. 코디는 모든 남학생들의 선망의 대상인 '나탈리 코너'의 남자친구가 되어 거대한 야욕을 품고 '나노보트' 함대를 개발하고 있는 과학자인 그녀의 아버지를 감시하라는 임무를 부여 받게 된다. 나탈리의 마음을 사로잡고 세계 평화를 지키기 위한 신세대 스파이 코디 뱅크의 대활약이 시작되는데...

어느 날, 美국방부소속 첩보기관 DIA 국장의 10살 짜리 아들이 중무장한 괴한에 의해 납치되는 사건이 발생하고 DIA는 이번 사건에 비밀리에 양성한 특수기동대를 투입시킨다. 한 편, 공식적으로 이번 사건의 수사를 맡은 FBI는 이 사건이 단순유괴가 아니라 베를린에서 연구 중이던 가공할 살상무기의 미국 유입과 관련되었다는 정보를 입수, 비밀리에 사건을 해결할 적임자를 물색한다. 그러던 중 FBI는 현직에서 은퇴한 엑스(안토니오 반데라스) 만이 이번 사건을 해결할 수 있다고 판단, 그를 찾아 나서는데... 과거 FBI최고 요원이었지만 아내의 죽음으로 인한 정신적 충격으로 FBI를 그만두고 현상범 사냥꾼으로 살아가던 엑스는 이번 임무를 거절하지만 FBI는 아내의 생존에 관한 정보를 미끼로 그를 이번 사건에 투입시키게 된다. 어쩔 수 없이 일에 개입된 엑스는 특유의 직감력으로 전 DIA 특수요원 코드네임 세버(루시 리우)를 용의자로 지목하는데... 모든 것이 베일에 쌓여있는 세버를 추적하던 엑스는 대형 쇼핑몰에서 그녀를 포착하지만 비밀리에 세버를 추적하던 DIA 특수기동대가 엑스보다 한발 먼저 그녀를 잡으려 한다. 그러나, DIA최고의 인간병기로 양성된 세버는 수 백 명의 저격수와 기동대를 무력화시키며 현장을 쑥대밭으로 만들고 유유히 사라지고 엑스가 그녀를 뒤쫓는다. 쫓고 쫓기는 추격전 끝에 항구에서 정면대결을 벌이는 엑스와 세버. 손에 땀을 쥐게 하는 승부, 우열을 가리기 힘든 격투의 연속. 그러나 첫 번째 대결은 세버의 승리로 돌아가고 DIA요원의 방해를 틈 타 세버는 다시 사라진다. 짧은 만남이었지만 엑스는 이번 사건에 뭔가 엄청난 진실이 숨어있다고 느끼게 되고 그 진실에 다가가기 위한 수사를 시작하는데..

첩보원 생활을 접고 기업가로 활동하고 있는 잭. 바쁜 일상중에 어느덧 아내가 죽은지 5년이 되간다. 바쁘다는 핑계로 딸 아만다와 함께했던 시간이 없던차에 딸과 조지와 함께 아내의 고향인 루마니아 여행을 계획한다. 하지만 루마니아 부쿠레슈티 공항에 도착하자마자 아만다는 누군가에 의해 납치당하고, 조지가 탄 차는 폭발하고 만다. 한편, 만든 장본인들도 두려워할 만큼 치명적인 바이러스 MK울트라 프로그램이 있다. 이 바이러스에 노출되면 각종 질병에 무방비 상태가 되고 6개월에서 1년 사이에 죽고 만다. 또한 바이러스에 언제 걸렸는지 조차 추적할 수도 없기 때문에 치명적인 이것을 조지가 첩보부에서 빼돌려 한 몫을 단단히 챙기려했던 것이다. 잭이 최고가를 부르는 쪽에 팔아 넘기려 했기 때문에 KGB의 새 지국인 FSB는 잭이 그 물건을 가지고 있는 줄 알고 잭을 쫓는다. 조지는 잭이 항상 PDA를 가지고 다니는 것을 알기에 PDA에 그 바이러스를 숨겼던 것이다. 살상용으로 비밀리에 만들어진 바이러스를 둘러싼 음모라는 것을 알게 된 잭은 딸을 되찾기 위해 나서는데...

프라하에서 죽었다고 알려진 정체 불명의 특수 요원 조나단 콜드. 그는 악명 높은 무기 판매 조직의 두목을 탈출 시킨다. 그들 조직은 미국을 공격 하려는 테러리스트에게 핵 무기를 팔아 넘기려 하는데 CIA 는 이 모든 행동을 감시하고 있기 때문. 무기 거래가 성사 되던 중 조나단의 부하 요원이었던 아만다가 잡혀오고 조나단은 치열한 총격전 끝에 아만다와 함께 탈출을 감행한다. 이때 CIA의 내부 조직 중 일부가 아만다의 동료를 살해하고 조나단과 아만다에게도 총격을 가한다. 이제 조나단 콜드와 아만다는 세계의 비밀 정보 조직과 무기 밀매상, 테러리스트들의 살인 표적이 된 채 핵 공격의 대 재앙을 막고자 목숨을 건 사투를 벌이는데...