A film kerettörténete a pikareszk regények hagyományát idézi. Két "csavargó" Párizsból Compostellába indul az ősi és modern zarándokúton, amelyet a 11. század óta annyian végigjártak. Vándorlásuk közben találkoznak a múlt alakjaival és a katolikus dogmatika olyan tanaival, amelyekkel hívőként vagy nem hívőként minden embernek találkoznia kell az élete során. Velük egy időben, előttük járja végig a maga útját az evangélium Jézusa is.
Az árva Cameron Post az ultrakonzervatív nagynénjénél nevelkedik a kilencvenes évek elején. Amikor a végzősök bálján rajtakapják egy autó hátsó ülésén, ahogy egy lánnyal csókolózik, drasztikusan megváltozik az élete. Átnevelő táborba küldik, hogy “kigyógyítsák” leszbikusságából. A tábort a szigorúságáról ismert Dr. Lydia Marsh vezeti a testvérével, és Cameron szövetségeseket keres, hogy túlélje azt az időt, amíg a vendégszeretetüket élvezi.
Egy férfi megpróbálja kiszabadítani húgát, akit foglyul ejtettek egy szekta tagjai.
A film két történetet mesél el: Az első egy dühöngő őrült sógunról szól, kinek két szenvedélye van, a kínzás és a nők. Ez 1628-ban játszódik Nagasakiban, Tokugawa sógunátusának korszakában. A második sztori, 1821. Satezo, a szerencsétlen árván felnőtt férfi, ki egy börtönben született Oszakában, az anyja criminal-boss volt, nem is csoda, hogy pénz nélkül tökrészegen szórakozik egy kupiban. De amikor fizetni kell reggel neki sem lesz pardon, egy évre takarító munkára fogják az intézményben, haját levágják, arcát kifestik nehogy a szökés eszébe jusson. Tragikus sorsának története élvezhetőbb epizódot eredményezett, jobb, mint az első részre jellemző öncélú vérfürdő.
Hit, vívódás, egyházpolitika és csodák! A Vatikán elküldi Frank atyát vizsgálódni Chicagóba, ahonnan a hívők megmagyarázhatatlan csodákat jelentettek. Mióta Helen, a templomi szolga meghalt, a kolostor udvarán lévő Szűz Mária szobor véres könnyeket hullat. Amint állítják, a könnyeknek különleges gyógyhatást tulajdonítanak. Halálos beteg kislány is meggyógyult már a szobrot érintve. Frank atyában újra kiéleződnek az ellentétek hite és a világi valóság között. Egyházi berkekben cinikussága miatt "Csodagyilkos" néven emlegetik. A helyzetet komplikálja, hogy Helen templomi munkáját átvevő lánya szerint anyja nem is volt annyira szent, ráadásul Frank atya különös vonzalmat érez a lány iránt.