تدور احداث فيلم الحي بي 13 : اﻹنذار بعد مهمة ناجحة ضد أباطرة المخدرات، يتم توريط الضابط (دامين توماسو) وفى قضية مخدرات وحيازة ثلاثة كيلوجرامات من الهيروين زرعت في منزله. وفى الوقت ذاته، يقوم مجموعة من المراهقين بتصوير فيلم يقتل فيه بعض الضباط ب مجموعة من رجال الشرطة، وترك سيارتهم وجثثهم في المقاطعة الثالثة عشر، لتوريط المقيمين هناك في الجريمة، وقيام حرب شوارع. يقوم المراهق بإعطاء الفيلم لـ (ليتو)؛ الذي يقوم بدوره بتحرير دامين للتصدي لهذه المؤامرة بمساعدة الرؤساء الخمسة لعصابات المنطقة.

تستيقظ (أليس) من غيبوبة لتجد أن أسوأ مخاوفها قد تحقق؛ حيث إن المرض الذي كافحت مع فرقة الجنود في محاولة السيطرة عليه، قد خرج من القاعدة وتفشي في المدينة المحيطة بها، ليحول سكانها من الموتى الأحياء والمتوحشين. كما تكتشف أنها من الأساس نتاج تجربة علمية ومحسنة وراثيا، مما يعطيها قدرات وقوة خاصة، فتحاول، بمساعدة قوة من البشر المتبقين، التصدي لهولاء الوحوش.