Jest rok Universal Century 0093. Char Aznable objął dowództwo nad Neo Zeon, buntownikami kosmosu. Mocno wierzy, że ludzkość może osiągnąć pokój tylko przenosząc się w kosmos. Dlatego planuje rozbić oś olbrzymiej asteroidy, skierować w Ziemię i pogrążyć planetę w nienadającej się do zamieszkania zimie. Char również z niecierpliwością oczekuje okazji do rozstrzygnięcia 14-letniej rywalizacji z Amuro Ray. Obaj byli czasami niechętnymi sojusznikami, ale Char nigdy nie wybaczył Amuro za spowodowanie śmierci jednego z jego towarzyszy podczas Wojny Rocznej. Tylko Londo Bell Unit Federacji Ziemi ma moc powstrzymania Char'a przed wypełnieniem jego niebezpiecznego celu. Na czele obrony Ziemi stoi kapitan-weteran Bright Noa i Amuro Ray w najnowszym kombinezonie mobilnym Nu Gundam. W tym ekscytującym zakończeniu oryginalnej serii Gundam Londo Bell angażuje się w ostateczny konflikt z Neo Zeon, który zadecyduje o losach Ziemi i zakończy tę wieloletnią rywalizację - raz na zawsze.

W 123 roku Powszechnego Stulecia, potyczki między rządem Federacji a grupą rebeliantów Crossbones Vanguard odbijają się echem w koloniach kosmicznych Ziemi. Jedna z tych małych bitew ma miejsce w rodzinnym mieście młodego Seabooka Arno, zmuszając go i jego przyjaciół do ucieczki i skazując ich na polityczne zamieszanie, które szybko przekształca się w wojnę totalną. Seabook spotyka Cecily Fairchild, wnuczkę arystokratki Meitzer Ronah, która stara się stworzyć nową potęgę polityczną o nazwie „Cosmo Babylonia”. Używając Crossbone Vanguard jako swojego mięśnia, rodzina Ronah planuje przywrócić arystokratyczne rządy i ustanowić system gospodarczy, który przyniesie korzyści szlachcie, niszcząc w ten sposób jakość życia zwykłych ludzi na Sferze Ziemi. Seabook ma za zadanie pilotować Gundam F91, mobilny kombinezon stworzony przez jego matkę, i musi wybierać między ochroną status quo Federacji a współpracą z Cecily, aby znaleźć lepszy sposób na życie dla wszystkich.

Robert wyjeżdża do Norwegii, aby spłacić rodzinne długi. Zaczyna pracę w przetwórni łososia, gdzie spotyka Ivara. Aby nie stracić pozycji w grupie, Robert ukrywa swoją fascynację kolegą. Gdy wybucha strajk pracowników fabryki, Robert staje przed dylematem - ratować rodzinę i zostać łamistrajkiem czy dołączyć do Ivara i protestu?

Siedemnastoletnia Tita, kapitan statku Cha Cha Maru jest jedną z kolonistek planety Yietta korzystających z dobrodziejstw unikalnych oceanów płynnego gazu. Razem ze swoją załogą specjalizuje się w pozyskiwaniu egzotycznych form życia zamieszkujących owe oceany i ich sprzedażą międzygalaktycznym sklepom ze zwierzętami. Pewnego dnia, podczas drogi do pracy staje się świadkiem pościgu młodej dziewczyny przez wojsko. Postanawia jej pomóc nie wiedząc jeszcze jakie będą tego konsekwencje. Po udanej ucieczce okazuje się, iż Tita wpakowała siebie i swoją załogę w poważny konflikt, jednak dziewczyna się nie poddaje i postanawia pomóc swojej nowej znajomej Elysse rozprawić się z ludźmi, chcących pozyskać od niej informacje, które ujawnione mogą zagrozić bezpieczeństwu całej planety.