كانت هنالك قرية صغيرة لا تكاد ترى يعيش فيها أشيتاكا بهدوء ونعيم. وهذه القبليه هي من القبائل التي قام الإمبراطور بنفيها وحكم عليها بنسيان إلى الأبد وبذلك تنفى هذه القبيلة وتختفي عن الأنظار وهكذا لم يعرف الناس بهم ولم يعرفوا قدرهم ومن قوانين هذه القبيلة أن أي شخص لا يمكنه مغادرتها والذي يغادرها لا يعود أبداً. أشيتاكا هو أميرهم وهو يقوم بحمايتهم جميعاً من المصاعب التي تواجههم في أحد الايام بينما كان أشيتاكا في الجوار مع غزاله الأحمر, صدر صوت غريب يشبه جلبه وفجأة يظهر حيوان غريب كبير وبذلك تتغير حياة أشيتاكا للأبد منذ تلك اللحظة.

في مدينة مستقبلية منقسمة بحدة بين الطبقة العاملة ومخططي المدينة ، يقع ابن العقل المدبر للمدينة في حب نبي من الطبقة العاملة يتنبأ بمجيء المنقذ للتوسط في خلافاتهم.

بعد حوالي 31 سنة من الحرب العالميّة الثالثة؛ أحد أفراد عصابة كانيدا المدعو بتيتسو اصطدم بطفل ذو قوّةٍ خارقة وتوّرط تيتسو بعد ذلك في مشروع خطير يهدّد مدينة نيو طوكيو بأكملها لكن ما هذا المشروع؟ ومن هو هذا الطفل ذو القوّة الخارقة؟

تدور القصة بعد ألف عام بعد حريق السبعة أيام كانت نهاية الحضارة البشرية وبعدها أصبح البشر يعيشون في مستوطنات منفصلة ومعزولة، لكن بحر الهلاك غابة ضخمة من النباتات والحشرات العملاقة والأبخرة السامة الذي غطى سطح الأرض بالخراب يستمر بالتقدم على سطح الأرض مهددا حياة البشر بالهلاك وقد حاول كثير من البشر إبادة بحر الهلاك إلا أنه وفي كل مرة تظهر أسراب من حشرات الأوهم الثائرة التي سادت في الأرض بسبب أعدادها الكبيرة وقدراتها تهاجم كالأمواج العاتية مدمرة كل ما أمامها دون توقف حتى تموت من الجوع عندها ظهرت الفطريات التي تعيش على جيف كائنات الأوهم والتي كست الأرض في بحر الهلاك والآن تحاول إحدى الممالك المتبقية تدمير بحر الهلاك فتقف أميرة وادي الرياح ناوسيكا في وجههم

شريك غول اخضر يعيش في المستنقع وحيدًا مستمتعًا بعزلته، إلى أن يجد في يوم ما كل شخصيات القصص الخيالية ينامون في مستنقعه, فيذهب إلى اللورد فركواد ومعه الحمار كمساعده كي يامرهم بالرحيل, فيطلب منه فركواد ان يذهب لعرين التنين لينقذ الأميرة فيونا التي تتحول في المساء إلى غولة بدورها.

يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).

يحكي الفيلم عن الفتى اليتيم (لمض) البالغ من العمر 12 عامًا، والذي يتمتع بعبقرية نادرة جدا، جعلته يتمكن من التوصل إلى عدد من الاختراعات المذهلة والمفيدة، فيحاول أن يستغل قدراته العلمية وعبقريته في اختراع آلة تمكنه من الانتقال عبر الزمن حتى يتعرف على والدته التي لم يرها من قبل، وخلال رحلة بحثه عن أمه، وجد نفسه قد انتقل إلى المستقبل وليس الماضى؛ حيث قابل هناك فتى يُدعى (وائل ربسوس)، الذي عرفه على عائلة (ربسوس) المرحة، والتي ساعدته في اكتشاف مجموعة من الأسرار المدهشة عن قدراته الخاصة غير المحدودة، وأثناء هذه الرحلة الخارقة، يقوم الشرير (أبو برنيطة) بسرقة هذه الآلة التي لا يستطيع من دونها العودة إلى وطنه، ليتحول حلم (لمض) إلى إيجاد طريقة للعودة إلى زمنه.

يقرر أب شراء آلة لمساعدته في شؤون المنزل والعائلة، ولكن سريعًا تكتسب الآلة الوعي وتصبح أداة للقتل؛ فتصبح حياة العائلة برمتها في خطر.

يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.