Ένας χάκερ ανακαλύπτει ότι ο κόσμος γύρω του αποτελεί μια προσομοίωση της πραγματικότητας. Η ανθρωπότητα, εν αγνοία της, συντελεί στον ίδιο της τον αφανισμό, εκτός αν βρεθεί κάποιος να την αφυπνίσει.
O Νίο, ο Μορφέας, και η Τρίνιτυ μας «ξυπνάνε» μέσα στον αφόρητα πραγματικό και σκοτεινό κόσμο του Μάτριξ. Αποστολή του Νίο είναι, να σώσει σε 72 μόλις ώρες την Ζάιον, την τελευταία ελεύθερη πόλη, από ένα στρατό 250.000 φονικών μηχανών που απειλεί να την καταστρέψει. Σε αντίθετη περίπτωση το ανθρώπινο γένος θα εξαφανιστεί από προσώπου Γης. Οι κάτοικοί της ωστόσο, ενθαρρυμένοι από την πεποίθηση του Μορφέα ότι η προφητεία θα εκπληρωθεί και ο πόλεμος με τις μηχανές θα λάβει τέλος, χάρη στον «εκλεκτό» που είναι ο Νίο, εναποθέτουν όλες τις ελπίδες τους σ΄ αυτόν. Ο Νίο όμως, βασανίζεται από τρομακτικούς εφιάλτες που αφορούν τη ζωή της αγαπημένης του Τρίνιτυ.
Ο Νίο έχει παγιδευτεί στον «Σιδηροδρομικό Σταθμό», μια διάσταση κάπου ανάμεσα στο Μάτριξ και τον πραγματικό κόσμο. Ο Μορφέας, η Τρίνιτι και ο Σέραφ οργανώνουν την επιχείρηση διάσωσής του ζητώντας τη βοήθεια του Μεροβίγγιου. Εντωμεταξύ οι στρατιές των Μηχανών κατευθύνονται προς την Ζάιον, το τελευταίο οχυρό της ανθρώπινης αντίστασης ενάντια στην κυριαρχία τους. Όμως δεν έχουν ακόμη αντιληφθεί πως κάποιος έχει αποκτήσει τον έλεγχο του Μάτριξ με σκοπό να καταστρέψει τα πάντα: ο κύριος Σμιθ! Ενώ η Ζάιον αντιστέκεται σθεναρά στις καταιγιστικές επιθέσεις των Μηχανών, ο Νίο καταδύεται στα άδυτα του Μάτριξ σε μια ύστατη προσπάθεια να έρθει αντιμέτωπος με τον Σμιθ και να ματαιώσει τα σχέδιά του.
Το πρώην στέλεχος των ειδικών δυνάμεων, Φρανκ Μάρτιν, μεταφέρει ο,τιδήποτε οπουδήποτε, αρκεί η τιμή να είναι καλή, και επειδή δεν κάνει ερωτήσεις είναι περιζήτητος. Αλλά όταν ανακαλύπτει πως το τελευταίο του φορτίο είναι ζωντανό, δημιουργείται μια αλυσίδα επικίνδυνων γεγονότων. Η δεμένη και φιμωμένη Λάι μεταφέρεται κρυφά στη Γαλλία από έναν ύποπτο Αμερικανό επιχειρηματία, και ο Φρανκ προσπαθεί να τη σώσει ενώ παράλληλα ένας Γάλλος ντετέκτιβ αποκαλύπτει τις παράνομες δραστηριότητές του.
Οι τρεις άγγελοι του Τσάρλι, Natalie, Dylan και Alex αναλαμβάνουν νέα αποστολή. Πρέπει να εντοπίσουν έναν επιχειρηματία-εφευρέτη που έχει πέσει θύμα απαγωγής και να φροντίσουν η απόρρητη εφεύρεσή του να μην πέσει σε λάθος χέρια.
Δύο αδέλφια έχουν το ήμισυ ενός ισχυρού αρχαίου κινεζικού φυλαχτού. Ένας κακός αρχηγός μιας συμμορίας έχει το άλλο μισό, και είναι αποφασισμένος να πάρει το μισό των αδελφών και έτσι να μπορεί να αποκτήσει απόλυτη εξουσία.