Seguendo un tatuaggio sulla spalla di una ragazza, l'hacker Neo scopre che la cosiddetta "realtà" è solo un impulso elettrico fornito al cervello degli umani da un'intelligenza artificiale. Per sopravvivere alla catastrofe l'umanità ha infatti avuto bisogno delle macchine, ma queste hanno vinto e necessitano degli uomini come fonte di energia. L'illusione in cui li fanno vivere è quindi finalizzata a "coltivarli" meglio. Nessuno è a conoscenza del tempo che è passato da quando il neurosimulatore ha assegnato una data fittizia al tempo. Solo Neo, con l'aiuto del pirata informatico Morpheus e della bella Trinity, può tentare di scoprire la verità, ma non sarà un'impresa facile.

Ora Neo controlla perfettamente i suoi straordinari poteri e Zion è assediata dall'Esercito delle Macchine. Solo poche ore separano l'ultima enclave umana sulla Terra da 250.000 Sentinelle programmate per distruggere il genere umano. Ma i cittadini di Zion, incoraggiati dalla convinzione di Morpheus che L'Eletto adempierà la Profezia dell'Oracolo e metterà fine alla guerra con le Macchine, puntano tutte le loro speranze su Neo, che si ritrova bloccato da visioni sconvolgenti. Resi più forti dall'amore e dalla fiducia che li lega, Neo e Trinity scelgono di tornare in Matrix con Morpheus e di lottare contro le forze della repressione e dello sfruttamento. Ma esistono ancora figure potenti dentro Matrix che si oppongono all'artificio della scelta, e si sottraggono alla responsabilità che comporta, poiché si cibano delle verità emotive degli altri.

Neo è in coma nell'infermeria della Hammer, ma la sua mente si trova intrappolata in una sorta di limbo situato tra il mondo reale e matrix. Il creatore del limbo virtuale è un nuovo personaggio, enigmatico e misterioso quanto la figura del fabbricante di chiavi, ma con un dentista decisamente peggiore. Toccherà ai compagni di Neo l'arduo compito di liberarlo, tornando nel castello del Merovingio, che muove i fili del gioco. Riuscirà Zion a resistere all'inesorabile avanzata delle macchine? Potrà l'eletto sconfiggere il suo nemico giurato, l'agente Smith?

Frank Martin, un ex agente delle forze speciali, vive un'esistenza tranquilla sulla costa francese nel Mediterraneo, salvo le occasionali missioni da "Trasportatore" mercenario. In grado di spostare carichi sia umani sia no, durante le sue missioni Frank si attiene scrupolosamente a regole che lui stesso si è imposto...

Il fondatore della Knox Technologies è stato rapito mentre si trovava nel proprio ufficio. Il genio dell'informatica ha creato un'applicazione in grado di identificare la voce. La sua rivoluzionaria invenzione potrebbe causare danni irreparabili se finisse nella mani dei criminali. Il presidente della società ricorre al solo uomo in grado di rintracciare il rapito e mettere fuori combattimento i rapitori: Charlie e i suoi Angels. Vale a dire Natalie, Dylan e Alex.

La Los Angeles del 2027 distrutta da un maremoto e parzialmente sommersa dalle acque, è in balìa di bande criminali. La più agguerrita è quella di Koga Shuko, che per conquistare il potere assoluto deve recuperare parte di un medaglione, proprietà di Satori. Quest'ultima è la protettrice di Billy e di Jimmy Lee, campioni di arti marziali, gli unici in grado di contrastare il progetto.