Жизнь Томаса Андерсона разделена на две части: днём он — самый обычный офисный работник, получающий нагоняи от начальства, а ночью превращается в хакера по имени Нео, и нет места в сети, куда он бы не смог проникнуть. Но однажды всё меняется. Томас узнаёт ужасающую правду о реальности.
Фильм рассказывает о печальной судьбе исследователя-любителя Тимоти Тредвелла, посвятившего себя изучению повадок самого свирепого медведя на планете — гризли. Жизнь Тредвелла оборвалась в октябре 2003 года на Аляске. Огромный медведь разорвал исследователя и его подругу во время очередного путешествия. На протяжении картины друзья и коллеги Тимоти пытаются понять причины его необыкновенного увлечения и ответить, что заставляет современного человека отказаться от благ цивилизации в пользу дружбы с гигантским медведем.
Благодаря воспоминаниям бывших солдат и редким архивным кадрам и фотографиям на экране оживают подвиги 2-го батальона 506-го парашютного полка 101-й воздушно-десантной дивизии США.
Борцы за свободу Нео, Тринити и Морфеус продолжают руководить восстанием людей против армии машин. Они вынуждены использовать не только арсенал превосходного оружия, но и свои выдающиеся навыки. Участие в миссии по спасению человеческой расы от истребления приносит им более глубокое понимание Матрицы и осознание центральной роли Нео в судьбе человечества.
Пока армия машин пытается уничтожить Зион, его жители из последних сил держат оборону.