지구에서 활동을 멈춘 디셉티콘이 3년 만에 활동을 시작했다. 오토봇들은 우연히 자신들의 정체를 알게 된 세 명의 인간 아이들을 보호하면서, 디셉티콘으로부터 지구를 지키기 위해 싸워 나간다. 한편 악의 에너존을 가지고 지구로 돌아온 메가트론은 악의 에너존으로 사이버트론의 죽은 트랜스포머들을 되살려 지구를 정복할 계획을 꾸민다. 오토봇들은 사이버트론으로 통하는 스페이스 브리지를 파괴하여 계획을 저지하고, 메가트론은 폭발에 휘말려 실종된다. 메가트론이 사라진 후 디셉티콘의 새로운 지도자가 된 스타스크림은 오토봇을 없애기 위해 힘을 모으며 여러 가지 시도를 하지만 실패로 끝난다. 결국 악의 에너존의 힘으로 죽음을 피한 메가트론이 오토봇 범블비를 이용해서 의식을 되찾고 다시 디셉티콘을 이끌게 되면서 스타스크림은 권력을 잃고 디셉티콘을 떠난다. 오토봇들은 디셉티콘 외에도 트랜스포머들의 기술을 노리는 인간 집단인 M.E.C.H.와도 대립하게 된다. 오토봇과 디셉티콘, 그리고 M.E.C.H. 사이의 싸움이 계속되는 가운데 사이버트론의 전설에 나오는 악의 화신인 유니크론이 깨어나자 오토봇들은 메가트론과 힘을 합쳐 유니크론의 부활을 막는다. 하지만 유니크론을 막기 위해 매트릭스를 사용한 옵티머스 프라임은 기억을 잃어버리고, 메가트론은 그를 디셉티콘 전함으로 데려간다.

어릴 적부터 경찰이 꿈이었던 토끼 주디 홉스는 주변의 만류에도 불구하고 경찰학교에 들어가 당당히 수석으로 졸업한다. 온갖 동물들이 모여 살며 교양 있고 세련된 라이프 스타일을 주도하는 대도시 주토피아에 자원한 주디는 의욕을 안고 출근하지만, 상사는 작은 토끼라는 이유로 주차관리 같은 소일거리만 시킨다. 따분하게 업무를 보던 주디는 아이스크림 불법 판매를 일삼는 사기꾼 여우 닉 와일드를 알게 되고, 그와 함께 48시간 안에 주토피아에서 벌어지고 있는 연쇄 실종사건을 추적해야만 하는데...

배경은 세기가 바뀐 직후의 오클라호마. 카우보이들과 농부들의 사이가 삐걱거리는 상태에서 컬리와 로리는 서로 사랑하지만 서로를 외면하고, 로리를 사랑하는 또 한 남자 저드 프라이가 있다. 그는 로리의 농장에서 일을 하며 로리만 바라본다. 컬리와 저드의 말없는 전쟁은 시작되고, 로리는 그들 사이에서 방황한다. 에이도 애니는 윌 파커를 사랑하지만, 아버지의 반대와 페르시안 행상인 알리 하킴의 애정공세에 마음이 흔들리는데...

보육원에서 힘든 하루하루를 보내는 소녀 애니. 마음씨 고약한 보육원장 해니건에게 질릴 대로 질린 애니는 낡은 보육원에서 도망쳐 부모님을 찾아 나선다. 뉴욕의 차갑고 매정한 거리에서 마음씨 좋은 부자 올리버 워벅스 씨의 품으로 가기까지의 여정 속에 벌어지는 수많은 사건이 음악과 함께 펼쳐진다.

두 명의 보드빌 배우가 사랑에 빠지지만, 제1차 세계대전이 발발하면서 그들의 관계는 위기에 빠진다.

캐나다의 작은 시골 마을. 십대 소녀 스테파니는 알코올중독자인 아버지의 수발을 들며 살아간다. 스테파니는 가수의 꿈을 이루기 위해 미국 장기자랑 대회에 노래 테이프를 보낸다. 며칠 후 합격했다는 편지를 받지만, 아버지의 반대로 스테파니는 꿈을 포기한다. 좌절한 스테파니 앞에 마을을 지나가던 인기 가수 바비 쇼어가 나타나고, 둘은 이내 사랑에 빠지게 된다. 사랑과 꿈을 모두 쟁취할 것만 같던 스테파니는 마을 화학공장에서 심각한 누출 사고로 마을 사람들의 인체에 변형이 생기는 것을 알게 되는데...

퀸스에 사는 열정적인 스니커즈 디자이너인 엘은 자신의 재능을 숨긴 채 신발 가게 창고 직원으로 살아간다. 그러던 어느 날, 우연히 '맨해튼의 차밍 공주'인 키라 킹을 만나면서 마음에 불꽃이 일기 시작한다. 절친의 끈질긴 권유와 알 수 없는 마법의 힘에 용기를 얻은 엘은 마침내 운동화 끈을 졸라매고 원대한 꿈을 좇기로 한다.