NERV è stata attaccato dalla SEELE e Rei e diventa un tutt'uno con Lillith. Insieme con la Lancia di Longino e il completamento della serie EVA, Shinji deve decidere se l'umanità cesserà o meno di esistere. Lui dovrà decidere ora se vuole rimanere in vita o morire, ma la sua decisione influenzerà tutta l'umanità.

Bob Parr, noto a tutti come Mr. Incredible, è sempre stato considerato uno dei più importanti supereroi del mondo. Dopo quindici anni di lavoro nel salvare vite e risolvere problemi Bob e sua moglie, altrettanto supereroina, si sono ritirati a vita privata con i loro figli. Bob cerca di combattere la noia e il sovrappeso e sogna di tornare all'azione. L'occasione si presenta quando un misterioso messaggio lo convoca su un'isola per una missione segretissima.