Veiksmas vyksta postapokaliptinėje ateityje, kai žmonija dėl Trečiojo pasaulinio karo padarinių buvo priversta pasislėpti po žeme ir jai gresia išnykimas dėl išteklių trūkumo. Atliekami keli eksperimentai, kurių metu kalinys tampa kelionės laiku objektu, tikintis, kad pavyks ištaisyti dabartinę žmonijos padėtį.
Prabėgo dveji metai po finalinės kovos prieš Sepirotą... Nors klestintis Midgardas buvo sugriautas, gyventojai pamažu jį atstato. Tačiau juos užpuolė paslaptinga Goestigmos liga. Neturint nuo jos vaistų, ji nužudo užkrėstuosius vieną po kito, atimant iš gyventojų paskutinę viltį. Ir taip Klaudui, pasitraukusiam iš didvyrio gyvenimo į vienatvę, vėl tenka imtis iniciatyvos.