Brooklyni sõbralik kangelane Ämblikmees saab taas kokku Gwen Stacyga ning ta paisatakse läbi multiversumi, kus ta kohtub Ämblikinimeste meeskonnaga, kelle ülesandeks on kaitsta oma rahva püsimajäämist. Kangelaste vahel tekib konflikt, kui nad ei suuda leida üksmeelt uue ohuga tegelemise suhtes. Miles, sattunud vastuseisu teiste Ämblikega, peab ümber mõtestama, mida tähendab olla kangelane, et päästa endale kõige armsam rahvas.
Lõvi Alex, sebra Marty, kaelkirjak Melman ja jõehobu Gloria on ikka veel Madagaskaril, kuid vahepealse aja jooksul on sündinud sedavõrd hullumeelne plaan, et see võib isegi toimida. Nimelt on suutnud ettevõtlikud pingviinid seada töökorda vana lennukivraki ning nüüd kavatsevad sõbrad sellega tagasi koju lennata. Paraku püsib sõiduk õhus ainult natuke aega, millele järgneb hädamaandumine Aafrika südames. Seal kohtavad nad esmakordselt elus liigikaaslasi ning tutvuvad oma juurtega.
Susan Murphy saab oma pulmapäeval pihta meteoriidiga ning kasvab kosmiliste ainete mõjul 15-meetriseks hiidnaiseks. Armee asub tegutsema, vaene Susan püütakse kinni ja toimetatakse hoiule salajasse baasi. Seal saab ta uue nime Ginormica ning ta peab veetma ülejäänud päevad koos värvika koletiste rühmaga, millesse kuuluvad geniaalne teadlane, dr. Prussakas; pooleldi ahv, pooleldi kala Puuduv Lüli; vedel purunematu mass BOB ning 116-meetrine aravereline Insectosaurus. Nende vangistus lõpeb kiiresti, kui Maale saabub kurjade kavatsustega maaväline robot. Monstrumite kamba eest vastutav kindral MacMasser veenab presidenti, et just see seltskond on Maa elanike ainus lootus. Ülesanne on lihtne: tuleb kutsumata külalisest võimalikult kiiresti lahti saada ning päästa meie planeet muidu kindlast hävingust!