En vitenskapsmann mener å vite hvordan man kan forflytte gjenstander ved hjelp av en spesialkonstruert maskin. Når han gjør et forsøk med seg selv, havner en flue inne i maskinen.
Tre forskjellige historier kommer til live i denne oppfølgeren til den populære animerte Disney -eventyren Atlantis. Oppdagelsesreisende Milo Thatch, hans nye kjæreste Dronning Kida og resten av teamet forbereder å gjenoppbygge den undersjøiske byen. Men når problemer dukker opp og utnytte kraften av krystallene av Atlantis. Må de sette ut en farlig eventyr for å forsvare sitt rike mot mørke krefter som truer fra sand, sjø og snø.
Tenåringsagentene Carmen og Juni Cortez er tilbake og får sitt tøffeste oppdrag noensinne. På en mystisk paradisøy har en gal vitenskapsmann dyrket fram muterte monsterdyr som har løpt løpsk. De to agentene må nå slåss mot både flygende griser og en armé av sverdsvingende skjeletter. Jakten leder dem til en mystisk øy hvor de møter den gale forskeren, hans mystiske muterte eksperimentdyr og sist, men ikke minst - rivalene Gary og Gerti som stjal tittelen som verdens beste spionpar rett foran nesene deres.