Hainbat hilabete Ingalaterran Horgurutzeen bila eta Heriojaleetatik ezkutatzen aritu ondoren, Harry Potter (Daniel Radcliffe), Ron Weasley (Rupert Grint) eta Hermione Granger (Emma Watson) adiskideak Hogwarts ikastetxeetara ailegatu eta bertan Lord Voldemorten (Ralph Fiennes) arimaren beste zati bat badagoela ohartuko dira, baina euren bilaketaren erdian Azken Borroka gauzatuko da, hartan, hainbat xehetasunen artean, gaztelu-ikastetxearen suntsiketa handia eta Lord Voldemorten behin-betiko porrota jazoko dira.
Sosuke itsasora begira dagoen labar batean bizi da. Goiz batean, burua marmeladazko pote batean sartuta duen koloretako arrain batekin egingo du topo. Sosukek askatzen lagunduko dio eta elkarren arteko lilura sortuko da. Hala ere, arrainaren aitak, garai batean gizaki izan zen aztiak, berarekin itsasora itzultzera behartuko du. Ponyo koloretako arrainak haur izan nahi du eta ihes egingo du. Kaosa nagusituko da eta Ponyoren ahizpak maremoto erraldoi bihurtuko dira Sosukeren itzulera eragiteko. Ur azpiko munduaren eromenak Sosuke nahastuko du.
Maya erle bihurriaren abenturak kontatzen ditu filmak. Erlauntzako arauetatik ihes egin eta hamaika gorabehera bizitzen ditu Willy adiskidearekin batera. Liztorren eta erleen arteko gatazkaren inguruan arituko dira, desagertutako erregina-jelaren bila.