Albator était jadis un officier de l’armée. À bord de son vaisseau l’Arcadia, il a provoqué le soulèvement des forces alliées avant de disparaître du système solaire. Devenu une véritable légende après un siècle d’errance, son but reste mystérieux et lorsque son vaisseau réapparaît tel un vaisseau fantôme, de nombreuses questions resurgissent. Pourquoi Albator est‐il devenu un pirate ? Pourquoi l’homme à la profonde cicatrice s’est‐il révolté contre le gouvernement ? Que va‐t‐il faire à présent ?

Alors que sa planète vient d'être détruite, le jeune Duke Fleed parvient à prendre la fuite à bord de Gattaiger, un robot d'une puissance jusqu'à présent inégalée. Recueilli par le professeur Genzo Umon qui l'élève comme son fils, il parvient enfin à mener une existence paisible sous le nom de Daisuke Umon et travaille dans un ranch aux côtés de la famille Makino. Jusqu'au jour où les forces armées de Yabarn, qui ont détruit la planète Fleed, arrivent à leur tour sur Terre dans le but de s'emparer de Gattaiger...

Dans un futur proche, une armée d’extra-terrestres décide d’envahir la Terre. Son but : réduire l’Humanité à l’esclavage pour constituer une réserve alimentaire presque infinie. La rébellion des humains s’organise afin de lutter contre les ennemis, tous les coups sont permis pour les anéantir afin de sauver la Terre.