يبدأ باتمان فى محاربة العدو الجديد (الجوكر) الذي يسعى لنشر الذعر والشر في جوثام، وإثبات أن العيش بدون قواعد أفضل، مما يؤدي لصراع بين الاثنين يشترك فيه المفتش جوردن والمدعى العام هارفي دينت وراشيل صديقة بروس وين.
يعلم مارتي مكفلي بأن حياة صديقة الدكتور إيميت براون في خطر ، بينما يستمتع براون بالحياة الهادئة في عام 1885، فيقرر السفر إلى الماضي لإنقاذ صديقه. ويتلقى مارتي رسالة من د. إيميت تعود عمرها للقرن الماضي، يخبره فيها أنه قرر العودة بالزمن إلى عام 1885، وأنه قد خبأ آلته بمنجم مهجور خارج المدينة.
بعد مرور عامين على مكافحة (بيتر باركر)، يشعر بعدم السعادة وتبدأ حياته في الانهيار، بعد أن وجد (ماري) الفتاة التي يحبها مغرمة بشخص آخر، كما تبدأ الصحف في القول بأنه مجرم، فيقرر ألا يواجه الجريمة مرة أخرى، لكن يظهر (دكتور أوتو أوكتافيوس) الذي يقوم بعمل شيء شرير وخطير، فيعود بيتر لمهامه من جديد.
يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).
يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.
يجوب العالم بروس بانر الكوكب بحثًا عن ترياق لقوة الغضب الجامحة بداخله: الهيكل. لكن عندما تجبره العقول العسكرية المدبرة التي تحلم باستغلال سلطاته على العودة إلى الحضارة ، يجد نفسه في مواجهة عدو مميت جديد.