Ο Μπάτμαν είναι αποφασισμένος να πατάξει το έγκλημα και με τη βοήθεια του υπαρχηγού Τζιμ Γκόρντον και του εισαγγελέα, Χάρβεϊ Ντεντ, επιχειρούν να διαλύσουν όσες εγκληματικές οργανώσεις έχουν απομείνει και μαστίζουν την πόλη. Η συνεργασία αποδεικνύεται αποτελεσματική, αλλά σύντομα, θα κληθούν να αντιμετωπίσουν έναν ανερχόμενο εγκληματικό εγκέφαλο, γνωστό στους τρομοκρατημένους κατοίκους της Γκόθαμ, ως Τζόκερ.
Ο Μάρτι ΜακΦλάι έχει κολλήσει στο 1955, οπότε και λαμβάνει γράμμα από τον Δρ Μπράουν για το πού είναι η χρονομηχανή. Μια αποκάλυψη, όμως, αναγκάζει τον Μάρτι να πάρει την μηχανή και να σπεύσει προς βοήθεια του καθηγητή. Θα βρεθεί στην παλιά Άγρια Δύση, όπου ο Δρ Μπράουν κινδυνεύει από παρανόμους κι ενώ έχει ερωτευτεί μια δασκάλα.
Ο Πίτερ Πάρκερ προσπαθεί να ισορροπήσει ανάμεσα στις υποχρεώσεις της φοιτητικής ζωής και στις απαιτήσεις του ρόλου του ως υπερήρωας. Σαν να μην έφταναν αυτά, θα έρθει αντιμέτωπος και με έναν τρελό επιστήμονα!
O Νίο, ο Μορφέας, και η Τρίνιτυ μας «ξυπνάνε» μέσα στον αφόρητα πραγματικό και σκοτεινό κόσμο του Μάτριξ. Αποστολή του Νίο είναι, να σώσει σε 72 μόλις ώρες την Ζάιον, την τελευταία ελεύθερη πόλη, από ένα στρατό 250.000 φονικών μηχανών που απειλεί να την καταστρέψει. Σε αντίθετη περίπτωση το ανθρώπινο γένος θα εξαφανιστεί από προσώπου Γης. Οι κάτοικοί της ωστόσο, ενθαρρυμένοι από την πεποίθηση του Μορφέα ότι η προφητεία θα εκπληρωθεί και ο πόλεμος με τις μηχανές θα λάβει τέλος, χάρη στον «εκλεκτό» που είναι ο Νίο, εναποθέτουν όλες τις ελπίδες τους σ΄ αυτόν. Ο Νίο όμως, βασανίζεται από τρομακτικούς εφιάλτες που αφορούν τη ζωή της αγαπημένης του Τρίνιτυ.
Ο Νίο έχει παγιδευτεί στον «Σιδηροδρομικό Σταθμό», μια διάσταση κάπου ανάμεσα στο Μάτριξ και τον πραγματικό κόσμο. Ο Μορφέας, η Τρίνιτι και ο Σέραφ οργανώνουν την επιχείρηση διάσωσής του ζητώντας τη βοήθεια του Μεροβίγγιου. Εντωμεταξύ οι στρατιές των Μηχανών κατευθύνονται προς την Ζάιον, το τελευταίο οχυρό της ανθρώπινης αντίστασης ενάντια στην κυριαρχία τους. Όμως δεν έχουν ακόμη αντιληφθεί πως κάποιος έχει αποκτήσει τον έλεγχο του Μάτριξ με σκοπό να καταστρέψει τα πάντα: ο κύριος Σμιθ! Ενώ η Ζάιον αντιστέκεται σθεναρά στις καταιγιστικές επιθέσεις των Μηχανών, ο Νίο καταδύεται στα άδυτα του Μάτριξ σε μια ύστατη προσπάθεια να έρθει αντιμέτωπος με τον Σμιθ και να ματαιώσει τα σχέδιά του.
Ο καθηγητής Γενετικής Μπρους Μπάνερ, ζώντας στη σκιά, αναζητά τη θεραπεία για την ιδιότυπη κατάστασή του, εξαιτίας της οποίας, όποτε βρίσκεται σε συναισθηματική φόρτιση, μεταμορφώνεται σε… ένα τεράστιο, οργισμένο, πράσινο πλάσμα. Ενώ προσπαθεί να ξεφύγει από εκείνους που τον καταδιώκουν για να του κλέψουν τις δυνάμεις, ο Μπρους πλησιάζει στη θεραπεία που θα τον λυτρώσει και θα μπορέσει να είναι επιτέλους μαζί με τη γυναίκα που αγαπά… Αλλά, όλα ανατρέπονται μόλις εμφανίζεται στο προσκήνιο ένα νέο, εξίσου τρομακτικό πλάσμα, το οποίο απειλεί τη Νέα Υόρκη…
Είναι το όνειρο κάθε γυναίκας κι ο εφιάλτης μιας συγκεκριμένης. Ένας πληροφοριοδότης του FBI έχει κρατήσει την νέα του ταυτότητα κρυφή για 15 χρόνια, τώρα όμως μια παλιά του αγάπη τον αναγνώρισε και οι κακοί επιστρέφουν για εκδίκηση.