Koululehdessä julkaistaan sarja neljäsluokkalaisen Fujinon neljän ruudun mangastrippejä, ja Fujino saa ylistävät arvostelut luokkatovereiltaan. Mutta eräänä päivänä hänen opettajansa kertoo, että lintsarioppilas Kyomoto haluaa julkaista lehdessä oman mangansa. Yhteinen intohimo mangaa kohtaan saattaa tytöt yhteen, kunnes erään päivän tapahtumat romuttavat kaiken. Sydäntä särkevä kasvutarina alkaa.

Vuosi 2029 - naiskyborgi ja valtion agentti, majuri Motoko Kusanagi ja Sisäisen Tutkinnan Virasto ovat päässeet mystisen tietokoneviruksen, "Nukkemestarin" jäljille. Erityisen uhkaavan viruksesta tekee se, että se on kykenevä imeytymään ihmiseen ja käyttämään häntä isäntänään! Yhdessä osasto 9:n kollegojen kanssa Motoko aloittaa huipputeknologisen kilpajuoksun aikaa vastaan, tavoitteenaan vangita tämä kaikkialla läsnäoleva entiteetti.

Tarina kertoo Ponyosta, pienestä meren kalasta joka tekee kaikkensa toteuttaakseen unelmansa. Hän haluaa elää maalla Sosuke-nimisen pojan kanssa. Ponyo rantakalliolla sijoittaa Hans Christian Andersenin Pienen merenneidon tarinan nyky-Japaniin. Se on tarina lapsuudesta, rakkaudesta ja merestä.