Dans les années 1950, une expédition en Amazonie découvre, grâce à des preuves fossilisées datant du Dévonien, un lien entre la terre et les animaux marins. Le chef de l'expédition Carl Maia rend alors visite au Dr David Reed, un ichtyologiste qui travaille dans un institut de biologie marine, qui persuade à son tour le Dr Williams de financer les recherches pour retrouver d'autres preuves.
Après s'être absenté quelque temps de Babylon 5, Michael Garibaldi revient sur la station. Un archéologue sous ses ordres a dérobé une relique qu'il pense être la clé de la vie éternelle des chasseurs d'âmes, créatures immortelles qui conservent les esprits capturés à travers la galaxie. La station étant assiégée par ces êtres maléfiques, l'archéologue libère de la relique des milliers de spectres enragés, bien décidés à s'incarner à nouveau.
L'histoire commence là où la série s'était terminée, lorsque Gordon Shumway - mieux connu sous le nom de Alf, acronyme de "Alien Life Form" - est capturé par la Task Force Alien de l'US Air Force alors qu'il tente de quitter la Terre. Alf est alors enfermé à la base Edmonds, sous les ordres du colonel Milfoil. Ce dernier prévoit de tuer Alf pour les besoins d'un produit de beauté, en prenant soin de laisser une lettre mettant en cause son aide de camp, le lieutenant Reese, comme bouc-émissaire. Apprenant cela, 2 scientifiques de l'US Air Force - le major Mellisa Hill et le capitaine Rick Mullican - décident d'aider Alf à s'échapper, et parviennent à se réfugier dans un motel. La police et l'armée alertées, les 3 fugitifs se tournent alors vers Dexter Moyers, un ancien scientifique de la NASA. Son idée est de révéler au monde entier l'existence de Alf. Cependant, Mélissa découvre que Moyers a comme plan secret de vendre Alf au plus offrant.
Fraîchement mariés, Paul et Béa partent pour une romantique lune de miel aux abords d'un lac, perdu en pleine forêt. Peu après leur arrivée, Paul trouve Béa en train d’errer dehors, nue et désorientée. Alors qu'elle se fait distante et que son comportement devient de plus en plus étrange, Paul commence à soupçonner que quelque chose de plus sinistre s'est passé lors de cette nuit de somnambulisme…
Depuis leurs débuts à la télévision, Boo et Zino, les deux héros animés qui vivent dans le monde fantastique de Gaya, ont toujours réussi à triompher des horribles Snurks. Boo, avec ses gadgets, et Zino, fort de son esprit chevaleresque, font un carton.Leur succès fait cependant des jaloux, dont le professeur N. Icely qui ne digère toujours pas que sa série animée préférée ait été remplacée par celle de Boo et Zino. Décidé à se venger par tous les moyens, il va utiliser son fantas-plasmatic-nucléo-transférateur pour faire en sorte que le cristal magique, source de l'énergie du monde de Gaya, atterrisse dans notre dimension.C'est un combat d'une nouvelle envergure qui s'annonce. Pour les Snurks, l'heure de la revanche a sonné ; pour Boo et Zino, il va être temps de prouver qu'ils sont autre chose que des héros de cartoon.