IT 회사 신드라 컴퍼니가 개발한 ‘코쿤’이라는 체험 시뮬레이션 게임 시연회에 참석한 코난. 게임이 시작되기 몇 분 전, 게임개발자인 카시무라가 ‘JTR’이라는 의문의 다잉 메시지를 남기고 살해 당한다. 메시지를 본 코난은 가상 게임 속에 살인 동기가 있을 것으로 직감하고 50명의 아이들과 함께 게임에 참여하게 된다. 하지만 인공 두뇌 ‘노아의 방주’의 서버 침입으로 게임은 통제불능의 상태에 빠지게 되고, ‘노아의 방주’는 19세기 전설적인 살인마 ‘잭 더 리퍼’를 이기지 못하면 게임에 참가한 50명의 아이들의 뇌를 전부 손상시키겠다고 협박하는데……

란은 신이치와 트로피컬 랜드에서 함께 보냈던 즐거운 한 때를 회상하고 있던 중 코난의 전화를 받는다. 코난에게 다시 한 번 그곳에 놀러가자고 말하지만 코난은 하필 그날 작아진 탓에 그 부탁을 들어줄 수가 없어 마음이 무겁다. 친구들과 함께 시간을 보내고 있던 코난은 근처에서 발생한 형사 저격사건을 목격하게 된다. 코난이 형사에게 범인에 관해 묻지만 형사는 오른손으로 가슴을 움켜쥐고서 숨을 거두고 마는데...

검은 조직에 의해 초등학생 코난의 몸으로 작아진 고등학생 명탐정 쿠도 신이치. 천재 건축가 모리야 테이지 교수에게 가든 파티의 초대를 받았지만, 코난인 상태로는 참석할 수 없어 대리인을 부탁하려 소꿉친구 모리 란에게 목소리 변조기를 사용해 신이치로서 전화를 건다. 하지만 란이 신이치의 생일 전날인 5월 3일 밤 10시, 심야 영화를 보자고 조건을 걸어 난처해지고 만다. 약속 당일, 뉴스에서 화약 도난 사건을 보던 코난이자 신이치에게 수상한 협박 전화가 걸려 오고 의문의 남자가 도심 전체를 표적으로 한 연쇄 폭탄 테러를 예고한다. 자신에게 도전장을 내민 연쇄 폭탄 테러임을 알아챈 신이치는 범인과의 숨 막히는 대결 중, 베이카 시티 빌딩에 있는 란이 타깃이 되어 위험에 처했음을 깨닫는데…

도쿄를 중심으로 6건의 살인사건이 발생했다. 피해자들 옆에는 알파벳이 새겨진 6개의 마작패만이 남겨져 있다. 그리고 마지막 희생자가 남긴 한마디 “칠석, 교!” 사건의 진실을 밝히고 범인을 잡기 위한 특별 수사회의가 열리고 유명한 탐정과 코난은 수사회의에 참석하여 사건의 전모를 듣게 된다. 그러나 성별도, 직업도, 사는 곳도 다른 이들 6명의 피해자에게는 그 어떤 공통점도 없다! 사건은 해결의 실마리를 찾지 못하고 점점 미궁 속으로 빠져든다.

미인 대회가 열리는 호텔. 협박 편지를 받은 대회 우승자가 결국 살해된다. 어린이의 몸과 고교생의 몸을 오가는 신이치, 과연 정체를 들키지 않고 사건을 해결할 수 있을까?

일본에서 가장 높은 빌딩이라는 쌍둥이 빌딩에 들른 코난 일행은 그곳에서 빌딩 건설을 둘러싼 비밀이 있다는 것을 알게 된다. 첫번째 살인 사건이 일어나는 동안 정체불명의 포르쉐가 빌딩 근처에 나타나고, 코난은 그 차가 검은 조직의 것이라고 확신한다. 한편 의식을 잃은 쉐리는 매일밤 누군가와 연락을 취하는데...

세기말 최후의 비밀 보석인 '에그'가 51번째로 일본에서 발견되자 괴도 키드가 이를 노린다는 사실이 전해진다. 에그의 주인인 스즈키 소노코는 에그를 박물관에 전시하려고 하지만 키드가 침입할 것을 두려워하여 코난 일행과 명탐정 헤이지의 도움을 받기로 한다. 코난과 헤이지는 함께 키드를 잡으려 하지만, 키드는 어느새 에그를 훔쳐 달아난다. 자신을 뒤쫓는 사람들을 따돌린 채 유유히 오사카에 도착한 키드, 그러나 그곳에는 그를 노리는 다른 사람이 있었는데...

메구레 주죠 경감, 모리 코고로의 별거 중인 아내 에리, 아가사 박사까지 탐정 모리 코고로의 주변 인물들이 하나 둘 공격을 받는다. 사건을 지켜보던 코난은 범인이 트럼프 카드의 숫자 순서를 따라 범행을 저지른다는 사실을 알아채는데...

수수께끼의 의뢰인으로부터 초대받아 초대형 테마파크 미라클 랜드를 방문한 코난 일행. 의뢰인은 제한된 12시간 내 자신이 의뢰한 사건을 해결하지 못하면, 코난과 유명한 탐정뿐만 아니라 미란과 장미 그리고 어린이 탐정단의 손목에 찬 미라클 랜드 프리패스 ID에 설치된 폭탄이 폭발할 것이라 위협한다. 부산의 고등학교 탐정 ‘하인성’과 괴도키드를 쫓는 원조 고등학생 탐정 ‘백준수’ 역시 코난과 똑같은 의뢰에 인질이 잡혀있는 상황. 코난과 함께 사건에 도전하는 탐정들은 여기에 ‘괴도 키드’ 역시 연루되어있다는 사실을 알게 된다. 시시각각으로 제한시간인 밤 10시는 다가오고, 정체를 알 수 없는 괴한들의 습격이 계속되는데…

오사카와 도쿄, 그리고 교토에서 유명한 문화재 도굴단인 '겐지보타루'의 일원들이 연이어 살해되는 사건이 일어난다. 교토를 방문하고 있던 코난 일행은 그 곳에서 겐지보타루의 소행으로 추측되는 불상 도난 사건을 전해듣고 살인 사건과 연관지어 수사를 시작한다.수사를 위해 고조 다리를 찾은 코난은 그 곳에서 고교생 탐정 헤이지를 만나고, 그와 함께 사건을 조사하기로 하는데...

음악가만을 노리는 연속살인사건이 발생한다. 살해당한 사람은 모두, 고명한 전 피아니스트가 인솔한 음악 아카데미의 출신자였다. 그가 만든 음악 홀의 개장을 축하하는 첫 콘서트에 초청된 코난 일행들. 콘서트의 중심은 바하가 쳤다고 전해지는 파이프 오르간과 세계적으로 유명한 바이올린 '스트라디바리우스'의 음색, 그리고 절대음감을 가진 천재가수의 노랫소리였다. 하지만 콘서트 본방을 향해 여러가지 수상한 사건이 일어나기 시작하고... 그리고 본 공연 당일이 되어 코난 일행이 방문한 콘서트 회장이 갑자기 대폭발, 온통 화염의 바다에 휩싸이는데...

유명 여배우 연주리에게 괴도 키드로부터 의문의 암호와 함께 ‘운명의 보석’이라 불리는 스타 사파이어를 가지고 가겠다는 예고장이 날아든다. 코난 일행은 괴도 키드를 잡기 위해 그녀가 주연을 맡고 있는 공연장을 지키지만, 아쉽게도 놓쳐버린다. 연주리는 무사히 보석을 지켜준 답례로 코난 일행을 자신의 별장으로 초대하고, 모두 함께 탄 비행기 안에서 의문의 살인 사건이 발생하고 만다. 여기에 기장과 부기장도 의식 불명에 빠지면서, 조종사를 잃는 절체절명의 위기가 닥치는데… 과연 모두의 운명은 어떻게 될 것인가? 괴도키드가 진짜 노리는 것은?!

지난 4년 동안 오만불손한 행동으로 도의 행정을 망쳤으니 천벌을 받아 마땅하다! 도지사 앞으로 익명의 협박 편지가 도착하고 그 후 대도심 한 복판에서의 폭탄 테러가 발생한다! 코난의 기지로 폭파 15초를 남겨두고 대참사를 막게 된다. 이 사건으로 인해 코난은 더 큰 참사가 발생할 것이라는 것을 예견하고 도지사 참석 예정인, 이전 5주년 기념식이 준비 되고 있는 북촌 마을을 찾아간다. 그 곳에서 만난 8년 만에 모인 북촌 마을 동창생 5명, 그들이 서로 얽혀있는 8년 전 뺑소니 교통 사고 등 수상한 과거의 사건들을 되짚어 가는 도중에 수수께끼 같은 설원 속 살인 사건이 발생한다. 범인을 밝혀내기도 전에 북촌댐 폭파 테러라는 또 다른 위기가 찾아오고, 코난은 다시 한 번 대 참사의 위기에 맞서게 되는데…

높이 635m를 자랑하는 벨트리 타워의 오프닝 행사. 타워 전망대에서 절경을 즐기던 코난 일행의 눈 앞에 어디선가 날아온 총탄이 한 남자의 가슴을 꿰뚫는다! 코난은 총탄이 날아온 곳에 서있는 검은 그림자를 발견하고, 여고생 탐정 양세라와 함께 저격범을 추격하는데... 수류탄과 기관총으로 중무장한 범인을 쫓던 그들은 위기에 처한 순간 나타난 FBI 수사관 조디 일행의 도움으로 가까스로 위험에서 벗어나지만, 범인은 바다에 뛰어들어 자취를 감추고 만다

“콘서트를 중지하라. 그렇지 않으면 에밀리오의 목숨은 없다!” 은행 금고에 보관되어 있는 희귀 보석 ‘체리 사파이어’를 훔치겠다는 예고장이 경찰에 도착한다. 예고장의 장본인 루팡 3세는 추격을 따돌리고 결국 체리사파이어를 손에 넣는데 성공한다. 한편, 세계적 팝스타에게 날아든 의문의 협박편지. 범인을 찾던 코난 일행은 우연히’베스파니아 왕국 사건’ 때 만났던 루팡 3세의 파트너 알마로스가 에밀리오의 보디가드인 것을 보고, 그들이 무언가를 꾸미고 있다는 걸 직감한다. 공연 당일. 코난과 홍장미는 정체를 알 수 없는 자들에게서 체리 사파이어를 둘러싼 무서운 거래가 이루어 진다는 정보를 입수하고, 마침내, 루팡 3세 일당과 조대포 경감, 그리고 경찰들까지 움직이기 시작하는데… 과연, 루팡 3세 일당의 진짜 목적은 무엇이며, 코난은 그 계획을 저지할 수 있을 것인가?

휴가를 맞아 300년 전 존재했던 해적과 숨겨진 보물의 전설이 전해지는 신해도를 찾은 코난 일행 전설 속 보물을 찾으려는 트레저 헌터(보물 사냥꾼) 중 한 명이 의문의 죽음을 당하면서 수상한 냄새를 느낀 코난 일행의 수사가 시작된다. 한편, 트레저 헌터들 중 국제적 수배를 받고 있는 위험한 인물들이 있다는 사실이 밝혀져 긴장감이 고조되는 가운데 미란과 보라가 사라지는 사건이 발생하는데…!

갑작스러운 폭발로 대혼란에 빠지고 만 오사카의 한 TV 방송국.마치 테러와도 같은 사건. 하지만 범인의 정체는 물론 범행 목적조차 파악되지 않는 상황이 계속되고, 혼란 속에서 코난과 친구들은 헤이지의 약혼자임을 주장하며 당돌하게 대시하는 카루타(일본의 전통 카드 게임) 대회 고교 챔피언 오오카 모미지를 만나 더욱 당황한다.한편, 방송국 폭발과 동시에 교토에서는 카루타 대회 2년 연속 우승자가 살해당하는 사건이 발생하고, 현장의 TV에서는 다름 아닌 모미지의 경기 모습과 함께 한편의 시가 고요히 울려 퍼지고 있었는데......

19세기말 해적선과 함께 싱가포르 인근 바다에 가라앉았다고 전해지는 전설의 보물 블루 사파이어 ‘감청의 권’이 모습을 드러내던 날, 마리나 베이 샌즈 호텔에서 살인사건이 발생하고 현장에는 피로 물든 괴도 키드의 예고장만이 남겨져 있다. 하지만 그것은 모두를 뒤흔들 함정! 절체절명에 빠진 괴도 키드는 마법 같은 술수로 여권이 없는 코난을 싱가포르로 데려간다. 마침 싱가포르에서 개최되는 쿄고쿠 마코토의 가라테 대회를 보기 위한 란과 소노코까지 모두가 모이게 되고… 코난 X 괴도 키드 X 쿄고쿠 마코토, 블루 사파이어 ‘감청의 권’ 그리고 가장 소중한 것을 지키기 위한 세 사람의 피할 수 없는 대결이 시작된다!

국제 정상회담 개최지 ‘엣지 오브 오션’에서 발생한 대규모 폭발 사건! 사건 현장에서 발견된 지문으로 유력한 용의자가 된 모리 코고로는 긴급 체포된다! 하지만, 이후에도 도심 곳곳에서는 원인을 알 수 없는 폭발 사건이 이어지고, 극도로 은밀히 움직이는 아무로 토오루의 기묘한 행동에 코난은 의문을 품기 시작하는데…

뉴욕 최대 미술품 경매장에서 빈센트 반 고흐의 명화 ‘해바라기’가 사상 최고액 3억 달러에 낙찰된다. 그림을 소유하게 된 정지로 회장의 목표는 전 세계에 흩어져 있는 고흐의 ‘해바라기’ 일곱 작품을 모아 최초로 전시하는 것. 난공불락을 자랑하는 레이크 록 미술관에서의 대규모 전시 계획을 발표하는 기자회견이 전 세계에 생중계되는 가운데 갑자기 괴도 키드가 출현! 고흐의 해바라기를 접수하겠다는 예고장을 날리고 바람처럼 사라지는데… 키드는 왜 고흐의 명화를 노리는 걸까? 명탐정 코난 VS 괴도 키드, 두 천재의 불꽃 대결이 시작된다!