Conan e seus amigos foram convidados para a estreia de um novo jogo de computador virtual. Mas alguém programou o jogo, se eles não pudessem responder ao enigma do jogo, todos teriam que morrer.

Policias de Tóquio estão a ser assassinados por um agressor desconhecido. Quando Ran testemunha um atentado contra a vida de um dos seus amigos da polícia, ela perde a memória. Agora, Conan e o inspetor Megure devem encontrar o assassino enquanto Ran tenta recuperar a sua memória perdida.

Alguns dias após comemorar seu aniversário em uma festa oferecida pelo professor Teiji Moriya, Conan recebe um telefonema anônimo e é desafiado a encontrar diversas bombas espalhadas em Tóquio. Em sua frenética busca, ele descobre que o terrorista lunático é, na verdade, o professor. Teiji Moriya foi um famoso arquiteto, mas que decidiu destruir suas próprias criações porque não consegue aceitar defeitos em sua obra.

Um novo membro da Organização Negra que encolheu o corpo de Shinichi consegue descobrir sobre a transformação de Shinichi em Conan. Esta descoberta começa a colocar aqueles ao seu redor em perigo, pois Gin e os outros membros da Organização Negra começam a agir.

Suzuki Zaibatsu encontrou o 51º Ovo de Páscoa feito pela joalheria russa em fevereiro. Kaido Kido enviou à polícia uma carta de advertência de que ele roubaria o ovo que Suzuki mostraria 4 dias depois. Kaido Kido (quando) consegue roubar ovo na hora em que todos estão lá fora.

Enquanto duas torres em Tóquio estão sendo preparadas para a sua inauguração, há uma série de assassinatos de pessoas conectadas às torres. Conan suspeita que o misterioso Sindicato também possa estar envolvido.

Um misterioso atacante apareceu e está atacando pessoas cujos nomes contêm um número do baralho de cartas padrão em ordem decrescente. Quando Conan Edogawa aponta que todas as vítimas são parentes do agora famoso detetive Kogorou Mouri, a suspeita recai imediatamente sobre o recém-libertado condenado Jou Murakami, já que Kogorou foi o responsável por sua prisão dez anos antes. Com as vítimas potenciais ainda em risco, Conan e a polícia estão determinados a prender o culpado. Conforme o caso gradualmente se desenrola, Conan e seu amigo Ran Mouri aprendem mais sobre a separação de seus pais e a verdade sobre o que aconteceu há uma década.

Mouri Kogoro é chamado para um caso especial na antiga capital de Kyoto. Lá, Conan encontra Heiji e eles se unem mais uma vez para resolver o caso, recuperar a estátua do Buda da Cura roubada e até mesmo descobrir a identidade do primeiro amor de Heiji.

Sinopse Kogoro e Conan vieram a Yokohama de acordo com um pedido de um homem misterioso. Mas essa era uma armadilha desse homem. Ran e os Detetive Boys serão feitos reféns. Se não resolverem o pedido do homem em 12 horas, as bombas presas aos reféns explodirão. Além disso, o homem sabe que a verdadeira identidade de Conan é Kudo Shinichi. Também Hattori Heiji, o detetive do colégio do oeste, e Kaito Kid entram no palco. Eles serão capazes de resolver o mistério dentro do limite de tempo e salvar Ran e os outros? E quem no mundo é o cliente?

Kaito Kid ataca novamente nesta nova edição anual dos filmes Detetive Conan. Uma atriz pediu a Mouri Kogoro para proteger uma joia preciosa dela que Kid jurou roubar. No dia do roubo, Kaito Kid se vestiu de Shinichi e combinou com Conan, e acabou fugindo. Para agradecê-los, a atriz convidou Kogoro e família e amigos para Sapporo, mas um esquema maior, e uma grande emergência está prestes a se desenrolar bem acima das nuvens no avião que eles estão tomando ...

Assassinatos em série envolvendo todos os tipos já aconteceram. Todas as vítimas são de uma escola de música dirigida por um famoso pianista. Conan e companhia foram convidados para um concerto de abertura do Music Hall construído pelo pianista. A maior atração deste show é o violino mundialmente famoso chamado de "Stradivarius" e uma participação especial de um cantor que tem afinação perfeita.

O governador de Tóquio, Yuichiro Asakura, recebe uma carta ameaçadora um dia antes da inauguração da Linha Touto, uma nova linha de trem para o metrô de Tóquio. Durante a cerimônia de abertura da linha, Conan Edogawa e os Detetive Boys são conduzidos pelo Professor Agasa e passam pela Linha Touto. Conan, tendo ouvido falar da carta ameaçadora, percebe explosivos conectados à ferrovia de Touto; Usando sua voz original para informar a polícia como Shinichi Kudo, ele é capaz de parar o trem e desviar o tráfego dos explosivos, evitando qualquer morte.

Um atirador vicioso apareceu em Tóquio, deixando as pessoas com medo de sair, mais uma vez cabe a Conan descobrir o significado por trás das mortes e capturar o misterioso atirador antes que mais vidas sejam perdidas.

O enredo segue Conan Edogawa, que decide apreender Arsène Lupin III, o suspeito de roubar uma jóia chamada Safira De Cereja.

A Ilha de Koumi, uma bela ilha no Oceano Pacífico. Na ilha, as pessoas passam uma velha lenda de geração em geração de que existia o Palácio do Fundo do Mar, uma antiga ruína no fundo do mar, onde o tesouro de 2 mulheres piratas, Anne Bonnie e Mary Reed (que realmente existiram 300 anos atrás), foi deixado. Quando Conan e seus amigos visitam a Ilha Koumi durante as férias, eles encontram alguns caçadores de tesouros. Havia algo de suspeito sobre eles.

Caso de atentado a bomba na TV Nichiuri no outono. A Satsuki Cup, que coroa o vencedor do Hyakunin Isshu do Japão, está sendo filmada dentro das instalações. O incidente resultou em uma grande comoção e, enquanto o prédio está queimando até as cinzas, as únicas pessoas que ficaram dentro são Hattori e Toyama Kazuha. Eles são resgatados na hora certa por Conan, que corre para o local. A identidade e os objetivos do homem-bomba são desconhecidos.

A maior safira azul do mundo, o "Punho de Lápis Azul", conta-se que se afundou em um navio pirata no final do século 19, nas costas de Singapura. Um milionário local planeia recuperá-lo e, quando ele é exposto no hotel Areias da Marina em Singapura, ocorre um assassinato.

Conan tenta procurar Kaito Kid, que supostamente roubou uma réplica do quadro "Os Doze girassóis numa jarra" uma pintura do pintor holandês Vincent van Gogh, durante um leilão.