Shinichi Kudo Conan enquête sur une lettre meurtrière envoyée à une gagnante d'un concours de beauté.

Parti aux bains publics avec son groupe d'amis, Conan se change dans les vestiaires auprès d'un homme ayant un comportement louche. Se rendant dans les bains, Conan fait une chute qui lui fait perdre connaissance. Le malfaiteur, pensant que Conan a des doutes sur ce qu'il était en train de manigancer, décide de l'enlever, prétextant l'emmener à l'hôpital. À son réveil, Conan semble avoir perdu la mémoire.

Un jour, Kogorô reçoit à l'agence un coup de téléphone. Au bout du fil, une personne qui lance un avertissement concernant l'explosion d'une bombe. À la fin du message, l'auteur laisse un code "Le Garçon en Bleu et Le Zèbre Bleu, La pluie venant d'en haut...". Si Conan arrive à déchiffrer ce code, il pourra stopper la bombe. C'est une nouvelle aventure qui commence pour Conan et les Détectives Boys. L'histoire prendra place dans un stade, lors d'une rencontre de foot entre l’équipe des Tôkyô Spirits, de Hideo Akagi, et celle des Big Ôsaka de Ryûsuke Higo.

Un espion vole des dossiers secrets provenant de divers services de renseignements comme le MI6, la BND ou la CIA à la police japonaise. Durant sa fuite, il subit un accident de voiture provoqué un tir de carabine de Shuichi Akai. Le lendemain, une jolie jeune femme blessée et seule est trouvé par Conan et ses amis à un aquarium à Tokyo. Ces derniers décident alors de l'aider à retrouver sa mémoire. La scène est observée par Vermouth

Le film se déroule à bord d'un vaisseau Aegis ultra sophistiqué, avec la coopération du Ministre japonais de la Défense et des Forces d'Autodéfense Maritime. On a retrouvé le cadavre d'un membre des Forces d'Autodéfense auquel il manquait le bras gauche, et on apprend qu'un espion a infiltré le vaisseau Aegis. Ran est mise en péril, si bien que Conan se voit obligé d'intervenir contre le dangereux "Espion X" ("Spy X").

Pour conserver son titre de détective au lycée, un détective adolescent doit protéger ses camarades de classe contre l'enlèvement après avoir reçu une lettre de menace.

Cette histoire se déroule 100 jours avant que Kudo Shinichi ne devienne Edogawa Conan. Kudo Shinichi, un détective de lycée, arrive à Jugoya Town avec Mori Ran et d'autres. Dans cette ville, une légende existe, prétendant qu'une gigantesque pie-grièche à tête de taureau attaque les habitants et les tue. La ville était sur le point d'organiser un festival dans 3 jours pour faire reposer l'esprit de l'oiseau géant. Alors que l'ami des parents de Sonoko, M. Wakura, lui fait visiter le sanctuaire de la pie-grièche à tête de taureau, un crime lié à la légende se produit. En commençant par Kosaka, les membres de la famille Wakura sont lentement assassinés de la même manière...