Τρεις αστροναύτες ξυπνούν από κρυογονική στάση όταν το διαστημόπλοιό τους συντρίβεται σε ένα πλανήτη. Σύντομα θα ανακαλύψουν ότι ο πλανήτης κατοικείται από εξελιγμένους νοήμονες πιθήκους και ανθρώπους που δεν έχουν αναπτύξει την ομιλία.
Ο αστροναύτης Μπρεντ στέλνεται για να διασώσει τον Τέηλορ (μοναδικό επιζών της προηγούμενης αποστολής) αλλά το διαστημόπλοιό του επίσης συντρίβεται στον πλανήτη των πιθήκων. Όταν μάθει ότι ο Τέηλορ έχει εξαφανιστεί στην Απαγορευμένη Ζώνη θα προσπαθήσει να τον ακολουθήσει για να τον βρει με την βοήθεια της Νόβα. Εκεί θα ανακαλύψει μια υπόγεια πόλη που κατοικείται από εξελιγμένους ανθρώπους με τηλεκινητικές δυνάμεις.
Μετά τα γεγονότα της προηγούμενης ταινίας η ανθρωπότητα έχει υποδουλώσει όλους τους πιθήκους. Ο Σήζαρ, γιος του Κορνηλίου και της Ζίρα, επιστρέφει μετά από 20 χρόνια για να βοηθήσει το σκλαβωμένο είδος του να επαναστατήσει εναντίων των ανθρώπων.
O Leo Davidson, ένας Αμερικανός αστροναύτης, είναι υπεύθυνος εκπαίδευσης μιας νέας γενιάς πιλότων. Οι πιλότοι αυτοί είναι πίθηκοι, που μαθαίνουν να οδηγούν μικρά διαστημόπλοια. Κατά τη διάρκεια μιας τέτοιας αναγνωριστικής πτήσης προς έναν άγνωστο πλανήτη, το μικρό διαστημόπλοιο χάνει την επαφή του με τον πύργο ελέγχου. Έτσι ο Leo βγαίνει ο ίδιος στο διάστημα για να βρει το χαμένο όχημα. Οι άσχημες συνθήκες όμως θα τον αναγκάσουν να κάνει αναγκαστική προσγείωση σ’ έναν παράξενο πλανήτη. Εκεί θα βρεθεί παγιδευμένος σ’ έναν τόπο τραχύ και πρωτόγονο, χωρίς ίχνος προηγμένου πολιτισμού. Δεν θα αργήσει όμως να ανακαλύψει ότι στον πλανήτη αυτό οι πίθηκοι έχουν τον έλεγχο, ενώ οι άνθρωποι είναι κυνηγημένοι και σκλαβωμένοι.
Μετά την κατάρρευση του ανθρώπινου πολιτισμού, μια κοινότητα νοημόνων πιθήκων με αρχηγό τον Σήζαρ, ζει αρμονικά μαζί με μια ομάδα ανθρώπων. Ο Άλντο, ένας γορίλας στρατηγός, προσπαθεί να προκαλέσει εμφύλιο πόλεμο ανάμεσα στους πιθήκους ώστε να ανέλθει στην εξουσία στη θέση του Σήζαρ. Στο μεταξύ, μια ομάδα μεταλλαγμένων ανθρώπων που επέζησαν κάτω από μια κατεστραμμένη πόλη, προετοιμάζεται για να επιτεθεί στους πιθήκους, τους οποίους θεωρούν εχθρούς της ανθρωπότητας.