Valami szörnyűség lappang a Kaptárban, egy óriási, földalatti genetikai kísérleti üzemben, ahol halálos vírus üti fel a fejét. Válaszlépésként a Vörös Királynő - azaz a Kaptárt irányító óriási szuperkomputer - szigorú zárlatot rendel el, nehogy a vírus kiszabaduljon. Ezzel az intézkedéssel egyúttal az összes bent rekedt dolgozót is halálra ítéli. Alice és Rain feladata, hogy kommandós társaik élén izolálják a vírust, a team azonban hamarosan érdekes felfedezést tesz: a dolgozók valójában igazán nem is halottak. Ők most a kielégíthetetlen étvágyú, ragadozó Nem-Holtak, akik a Kaptárban ólálkodnak.

A feldúlt Raccoon City szívében még meg nem fertőzött emberek egy kis csoportja, köztük Jill Valentine és Carlos Oliveira, a csapat vezetője az életükért küzdenek. Ám egy másik halálos fenyegetéssel is szembe kell nézniük: az egyik kísérlet eredményeként létrejött genetikai mutáció, a lickerek, gyorsabbak és gonoszabbak mindennél. Úgy tűnik, elhagyta őket a szerencse, készleteik kimerültek, amikor Alice ismét felbukkan.

Egy Interpol-ügynök hazamegy és egy bérgyilkost talál a szobájában. A 47-es rá vár. De mielőtt végezne áldozatával, elmondja, hogy került oda. Nigériától Moszkváig mérnöki precizitással kidolgozott gyilkosságok és menekülések jelzik a 47-es útját, miközben az Interpol embere mindig a sarkában maradt: de sosem érte utol az emberét. Átverések, árulások, kettős játszmák és gyilkosságok macska-egér játékába bonyolódva élnek évek óta. Lassacskán már abban sem biztosak, melyikük üldözi melyiküket. Most azonban eljött a végső leszámolás pillanata. Ám amikor titokzatos, közös múltjuk lezárulni látszik - hiszen egyikük mindjárt meghúzza a ravaszt - egy újabb fordulat ismét mindent megváltoztat.