북쪽의 끝, 에미시족의 마을에 어느 날 갑자기 재앙신이 나타나 마을을 위협한다. 이에 강한 힘을 소유한 에미시족의 후계자인 아시타카는 결투 끝에 포악해진 재앙신을 쓰러트리지만 싸움 도중 오른팔에 저주의 상처를 받고 죽어야 할 운명에 처하게 된다. 결국 재앙신의 탄생 원인을 밝혀 자신의 저주를 없애기 위해 서쪽으로 길을 떠난 아시카타는 여행 중에 지코라는 미스테리한 수도승을 만나 재앙 신이 생겨나게 된 이유가 서쪽 끝에 있는 시시신의 숲과 관련이 깊다는 이야기를 듣게 되고 한시 바삐 서쪽으로 향한다.

알 수 없는 폭발로 도쿄가 폐허가 된 지 31년이 지난 2019년의 일본. 신도시 네오도쿄는 정치와 자본의 결탁으로 첨단의 경제적 풍요를 누리고 있지만 이면에서는 퇴폐, 약물, 폭력, 광신으로 몸살을 앓고 있으며 반정부 시위가 곳곳에서 일어나고 있다. 고아이자 직업학교 출신 폭주족인 카네다 패거리는 오토바이로 거리를 누비며 아슬아슬한 심야의 레이싱을 즐긴다. 그중 한명인 테츠오는 자신에게 통제할 수 없는 엄청난 힘이 내재해 있음을 알고는 세상에 복수하듯 그 힘을 남용하기 시작한다. 과학자들은 진화된 인간에 도달하기 위해 아이들을 대상으로 능력을 각성시킬 실험을 자행하고, 30년 전의 도쿄 폭발은 실험대상 중 아키라라는 미지의 아이와 연관되어 있는데...

까칠한 아저씨 긴과 여자를 꿈꾸는 남자 하나, 십대 가출 소녀 미유키는 하루하루 대충~살아가는 홈리스들. 흰 눈이 내리는 화이트 크리스마스에도 언제나처럼 쓰레기를 뒤지던 그들은 버려진 아기 ‘키요코’를 발견하게 된다. 키요코가 하늘이 보내준 천사라 생각한 홈리스 트리오는 아기천사에게 따뜻한 집을 찾아주겠다는 불타는 사명감으로 길을 나서는데...

중년의 짐 블로그는 핵전쟁의 위기에 곤란을 겪지만. 그의 아내 힐다는 집안일이 너무 바빠 이에 신경 쓸 틈이 없다. 핵전쟁 시 대처방법에 대한 팜플렛을 가지고 집에 온 짐은 거실에 대피소를 만든다. 그리고 핵폭발이 일어나 짐과 힐다는 대피소로 피신한다. 그러나 대피소를 나온 그들이 마주한 것은 급변한 세상이다. 처음엔 그저 우유와 신문이 언제 다시 배달될까를 궁금해하고 차를 끓일 전력이 없다는 것을 아는 정도였지만, 곧 참상이 그보다 더 심각하다는 것을 깨닫게 된다.

홈리스와 야쿠자들이 모여 사는 '지옥의 거리' 다카라쵸. 그곳에는 서로를 의지하며 자유롭게 살아가는 두 고아소년 쿠로와 시로가 살고 있다. '고양이'라는 별명의 그들은 다카라쵸에서 아무도 손대지 못하는 '악동'으로 유명한 문제아들. 하지만 그들의 터전 다카라쵸에도 어둠의 그림자가 다가오기 시작한다. 테마파크 사업을 통해 떼돈을 벌어 마을을 삼키려는 야쿠자와 외부세력의 검은 음모가 시작된 것. 결국 쿠로와 시로는 자신의 마을을 지키기 위해 행동에 나서고, 이제 그들과의 숨막히는 전쟁이 시작된다!

어른이 된 그는 [투르 드 프랑스]경기에 참여하지만 대회 도중 납치를 당한다. 강아지와 함께 사라잔 손자를 찾아나선 그의 할머니, 마담 수자. 프랑스 마피아의 근거지인 낯선 항구도시 ‘벨빌’에 도착한 그녀는 그곳에서 젊은 시절에는 배우였고 현재는 재즈그룹으로 활동하는 세 쌍둥이 자매를 만나는데…

19세기 중반, 세계 최초의 만국 박람회를 목전으로 둔 영국, 사람들은 새로운 발명의 기대에 가슴을 부풀이고 있었다. 연구를 위해 도미중인 발명가 아버지 에디와 조부 로이드의 귀가를 기다리는 소년 레이 또한 발명이라면 자다가도 벌떡 일어나는 사내 아이다. 그런 어느 날 레이의 앞에 수수께끼의 금속 볼이 전달된다. 조부 로이드로부터 배달 된 것이었다. 때마침 아버지와 조부를 미국에 부른 오하라 재단의 사람이라 칭하는 남자들이 나타나 그 볼을 빼앗으려고 한다. 레이는 자신이 만든 외바퀴 증기차를 차고 도망치려 하지만, 증기톱니바퀴 열차로 추격해 온 남자들에게 잡혀 만국 박람회의 파빌리온에 갇혀 버린다. 그곳에서 레이는 미국에 있어야 할 아버지 에디와 재회하고 금속볼의 비밀을 알게 된다. 초고압의 증기를 고밀도에 봉인하여 담은 구체. 그것은 인류의 역사를 바꿀 수 있을 정도의 위력을 지닌 경이의 발명품 스팀볼 이었던 것이다! 재단은 그 힘을 무기화하여 온 세상에 팔려 하고 있었던 것. 레이와 재단의 볼을 둘러싼 분쟁은 이윽고 영군군까지 출동하게 하면서 큰 소란을 불러 일으킨다. 그 소동 중에 스팀볼에 얽힌 새로운 비밀이 밝혀지는데. 과연 이 신비에 싸인 스팀볼은 사람들에게 행복을 가져오는 꿈의 힘인가, 혹은.. 악마의 발명 인가?

2차 세계대전을 겪고 난 일본은 미국의 통치 지역과 유니온 정부의 통치 구역으로 나뉘면서 남북이 분단된다. 미국의 통치 지역인 아오모리현에 사는 히로키와 타쿠야는 분단 때문에 갈 수 없는 유니온 구역 하늘에 떠 있는, 우주로 향해 있는 탑을 동경한다. 그들은 직접 비행기를 만들어서 언젠가는 높은 탑 근처까지 날아갈 계획을 세운다. 히로키가 흠모하는 소녀 사유리도 계획에 가세하지만 세 사람은 어떤 이유 때문에 탑으로 가지 못하고 훌쩍 자라버린다. 그로부터 3년이란 시간이 흐른 뒤 히로키는 다시 한번 유니온 하늘에 솟아 있는 탑으로 비행기를 타고 가야겠다는 결심을 한다.

1983년 젊은시절의 브루텐홀름은 젊음을 유지하기 위해 사람의 피를 마시던 뱀파이어 엘즈벳을 물리쳤다. 현재, 뉴욕의 누군가가 그녀를 다시 데려오려고 하자 브루텐홀름 교수는 헬보이와 리즈 셔먼, 에이브 사피엔과 함께 추적을 시작한다.

갇혀있던 범죄자 카인은 탈출 후 갤럭시 본부를 날려버리고 지구로 향한다. 한편 지구의 천지라는 소년은 몸이 없어지는 현상을 겪고, 와슈 박사는 그 현상이 과거의 변화 때문이라는 것을 알아챈다. 이에 천지 일행은 과거로 향하는데...

먼 우주의 광산 콜로니인 이지스7에서 마커라는 유물로 추정되는 인공적인 구조물이 발견된다. 유니톨로지 교단은 이를 지구로 가져오기 위해 행성 파괴선인 이시무라호를 파견한다. 그러나 유물을 발굴한 이후 콜로니에서 자살과 살인등의 범죄가 늘어난다. 이시무라호의 수석 보안 책임자인 알리사는 유물의 운반에 대하여 반대하지만 마티어스 선장은 그 의견을 묵살한다. 예정대로 행성의 표피를 뜯어내고 지구로 향하면서 콜로니와의 연락이 끊어진다. 하지만 콜로니에서 출발한 셔틀이 이시무라호에 들어오면서 무엇인가가 같이 들어오게 된다.

33살의 데이비 스톤은 자신이 사는 덕스베리 마을 사람들이 유대인들의 연례축제인 봉헌절 하누카를 즐기는 것이 못마땅하다. 그래서 하누카의 첫 번째 밤에 온갖 사고를 일으킨 그는 결국 경찰에 체포되고 만다. 판사는 그에게 무려 10년형을 선고하는데, 이때 나타난 나이많은 농구 코치 휘트니 듀발이 그의 개과천선을 돕겠다고 약속함으로써 데이비는 풀려난다. 휘트니와 함께 8일간을 함께 보내며 데이비는 하누카의 진정한 의미를 깨닫게 된다.