Изминали са 15 години от загадъчна глобална катастрофа, която е поставила Човечеството на ръба на оцеляването. Но тези, които са останали живи, са изправени пред още по-страшни изпитания. Земята е атакувана от "Ангели" - загадъчни гигантски същества, появили се от неизвестно място. Единственото оръжие на планетата, способно да им се противопостави - това е роботът от серията "Евангелион", създаден чрез напреднали био технологии. Той може да се синхронизира с телата на тези, които го управляват. Този отряд от уникални бойци се обучават и живеят в подземния град Токио - 3, щаб-квартира на организацията "НЕРВ", оглавяваща защитата на Земята.

Годината е 2065-а. Земята гъмжи от чуждоземни духове, човечеството е заплашено от унищожение. Водена от странен сън и подкрепяна от покровителя си д-р Сид, изследователката Аки Рос се опитва да събере осемте духа на живота. Тя се надява силата им да бъде достатъчна, за да унищожи извънземните и да защити планетата. С помощта на отряда "Дълбоки очи", Аки трябва да спаси Земята от най-мрачната омраза, като открие вечния дух на живота.