A meio de Dezembro, a Brigada SOS começa a preparar uma festa de Natal. Os membros Kyon, Nagato Yuki, Asahina Mikuru e Koizumi Itsuki começam a preparar as coisas sob as ordens da inigualável líder da brigada, Suzumiya Haruhi. Mas no dia 18, Kyon chega à escola e descobre que está num mundo onde a Suzumiya Haruhi não existe, onde um turma inteira desapareceu, onde a Asahina Mikuro não o conhece, e a Nagato Yuki é apenas uma rapariga tímida, membro do clube de literatura. A brigada SOS parece nunca ter existido, e ninguém na escola sabe quem é a Suzumiya Haruhi, e as coisas agravam-se quando a Asakura Ryouko, que tentara matar o Kyon, aparece...

A história é centrada numa guerra de gangues do colégio Suzuran Boys’ High – uma instituição que contém a maior concentração de rapazes violentos por metro quadrado do Japão. O colégio acabou ficando conhecido pela alcunha de Escola para Corvos, pois, no Japão, os pássaros são tão comuns – às vezes incômodos – quanto os pombos em algumas capitais brasileiras. Para passar o tempo, a molecada adora sair na porrada. E para saber quem é o maioral da escola, os rivais Genji e Tamao vão entrar em guerra até que sobre apenas um em pé.

Um assassino misterioso que possui uma espada amaldiçoada assombra as ruas de Edo. Tetsuko e Tetsuya são dois irmãos ferreiros especializados em forjar espadas, e assustados com os assassinatos que estão ocorrendo em Edo, decidem contratar o Yorozuya para investigar quem é o assassino. No entanto, Tetsuya avisa a Gintoki que o assassino possui uma espada poderosa chamada Benizakura e que tem ligação com o Kiheitai. Então, Gintoki caça o misterioso assassino.

A Justiça não é cega, só é caolha, levemente inclinada pra esquerda e está parcialmente vendada por uma peça íntima feminina. Escondam suas calcinhas! HENTAI KAMEN VOLTOU!!!