Un anciano vive en una ciudad casi inundada; así que continuamente debe construir una planta más sobre su apartamento debido al incesante crecimiento del nivel del agua. Al realizar la última mudanza, se le cae su preciada pipa y decide bajar a rescatarla. Cuando logra recuperarla, inicia un viaje retrospectivo a través de los mejores momentos de su vida.

Documental científico y onírico a la vez, "Célula fantasma" es un paseo estereoscópico por las tripas de un París orgánico visto como una célula a través de un microscopio virtual.