전 세계에 산업혁명의 물결이 밀어닥쳐 근세에서 근대로 넘어가는 19세기~20세기 무렵, 갑자기 불사의 괴물이 나타났다. 강철 피막으로 덮인 심장을 꿰뚫지 않는 한 죽지 않고, 그에 물린 자는 같은 괴물이 되어 사람을 덮친다고 한다. 훗날 '카바네'라 불리게 되는 괴물은 폭발적으로 증식하여 전 세계를 뒤덮어 갔다. 극동의 섬나라인 히노모토(日ノ本)에서는, 카바네의 위협에 맞서 전선을 뚫고있던 두꺼운 장갑으로 덮인 장갑 증기기관차(통칭 준성(駿城))중 하나인 갑철성(甲鉄城)에서 살아남은 이코마 일행은 카바네와 인간의 공방전의 땅, 동해에 밀접해 있는 폐역 「해문(海門)」에서 현로(玄路), 호락(虎落), 해문의 주민들과 「연합군」을 결성, 카바네 격퇴의 대책을 세우고 있었다. 그런 와중, 이코마(生駒)는 해문의 카바네가 통제된 집단 행동을 하는 특징이 있음을 알게 된다. 그 사실을 연합군에 보고하는 이코마였지만, 상대되지 않고 오히려 카바네리라는 이유로 연합군으로부터 억압되고 만다. 이에 분노에 휩싸여 냉정함을 잃은 이코마는 단신으로 적진에 쳐들어갈 것을 결심한다. 한편, 무메이(無名)는 지금까지 자신을 이끌어준 이코마에게 지금까지와는 다른 감정이 싹트기 시작한다. 하지만 그곳에 이코마가 단신으로 적진에 쳐들어간다는 소식이 들려오게 되는데──. ──새롭게 시작된 카바네와의 싸움. 그리고 무메이와 이코마의 운명은!?

2065년 지구는 혼란스럽고 운석과 행성들의 충돌로 수많은 에일리언들의 공격을 받는다. 에일리언들의 강력한 오염물질은 지구인들의 목숨을 위협하고, 혼란속에 살아남은 자들은 지구를 되찾기 위해 노력한다. 아키 박사는 조언자인 시드 박사와 캡틴 그레이의 도움을 받아 에일리언과의 전쟁을 시작하는데...

2030년 핵에너지 보다 강력한 텍스멕시엄이라는 물질이 발견되어 새로운 세대의 슈퍼컴퓨터를 사용할 수 있게 된다. 한편 슈퍼컴퓨터나 전도성 플라스틱 그리고 컴퓨터 칩을 만들 수 있는 재료가 고갈이 되자, 컴퓨터 관련 재료를 헌팅하는 테크 폐품 수집자들이 늘어나게 된다. 사이보테크 컴퍼니는 아시아의 작은 섬 8JO에 로보틱 개발 시설을 만들게 되고 강력한 인공지능 카이런 5를 만들어 이 섬의 시설들을 관리하게 된다. 그러나 카이런 5는 더 이상의 인간의 필요성을 느끼지 못하고 명령을 받기를 거부하게 되자, 연합군은 건헤드 전투 부대를 급파하게 된다. 그러나 카이런 5는 거대 로봇 에어로봇을 발진시켜 연합군을 격퇴, 결국 전쟁은 결말을 보지 못하고 연합군은 8JO를 방치하게 된다. 그 후 13년 후 이야기가 시작하게 된다.

AD 3000년. 외계인 종족 '아시클로'의 침략으로 지구는 식민지로 전락한 상태다. 사이클로의 지배하에 인류는 두 부류(사이클로의 노예인 인간과, 사이클로의 지배를 피해, 불안에 떨며 원시부족을 이루며 사는 인간)으로 나뉘어 근근히 생존해가고 있을 뿐이다. '사이클로'는 면도날처럼 날카로운 발톱과 사악한 심성을 지닌, 평균신장 3미터의 거대한 외계인이다. 식민지 착취에 열을 올린 사이클로는 인간을 가두고 지구의 자원을 갈취하는 중노동에 이용한다. 일찍이 사이클로의 감시망을 벗어난 원시부족의 일원인 청년 조니(배리 페퍼 분) 역시 사이클로의 추적망에 걸려 노예 신세가 된다. 사랑하는 연인 '크리시'를 애타게 그리며 하루 빨리 탈출하고자 기회를 엿보는 조니. 그러나 탈출은 실패하고, 조니는 사이클로 사령관 '테를'(존 트라볼타 분)에게 끌려간다. 마침 채석장의 금을 몰래 빼돌리려는 계획을 세우고 있던 테를은 잡혀온 조니를 눈여겨 본다. 금을 얻기 위해서는 사이클로에게 치명적인 성분이 들어 있는 우라늄 덩어리에 접근을 해야 하기 때문에, 테롤은 '적절한 인간동물'인 조니를 이용해 그 일을 실행시켜려는 계획을 세운다. 테를은 조니에게 사이클로의 언어. 생활풍습 등을 가르치기 시작한다. 채석장의 기계를 작동시키기 위해서는 불가피한 요건이기 때문. 기민한 조니는 테를의 기대 이상으로 빨리 사이클로의 문화를 익혀 나간다. 그러나, 테를의 의도와 달리, 조니는 주변의 동료들과 결합해 사이클롤를 몰아낼 모종의 계획을 세우기 시작한다. 사이클로의 지구 사령부가 있는 덴버는 거대한 돔에 둘러 싸여 지구의 공기로부터 사이클로들을 보호해 주고 있어다. 조니의 목표는 이 돔을 파괴시키는 것이다. 그리고, 사이클로 행성과 지구의 연결 통로인 '순간이동 플랫폼'을 이용해 사이클로의 행성으로 핵무기를 옮겨놓는 것. 반란에 대처하기 위해 테를은 대규모 사이클로 군대를 조직해 이들을 공격하는데.