Kinnisvaraametnik Marion Crane põgeneb koos rahapaki ja lootusega alustada uut elu ning satub Batesi motelli. Seda juhib Norman Bates, kes hoolitseb oma liikumisvõimetu ema eest.
Edward Bloom on kogu oma elu olnud suurte isude, tohutute kirgede ja pikkade lugude mees. Hilisematel aastatel jääb ta oma pojale Williamile tohutuks saladuseks. Nüüd, tõelise mehega tutvumiseks, hakkab Will kokku panema oma isast tõetruu pilti tema imeliste seikluste tagasilöökidest.
Alates ajast, mil ta vanemad mõrvati, on miljonär Bruce Wayne rännanud mööda maailma, püüdes jõuda selgusele, kuidas võidelda kurjusega ning pöörata hirm nende vastu, kes teisi on kogu aeg hirmu all hoidnud. Viimaks pöördub ta tagasi kodulinna, Gotham Citysse ja öösiti hakkab selle tänavail tegutsema Batman, maskis võitleja, kes kasutab oma jõudu, mõistust ja iseäralikke tööriistu, et võidelda linna ähvardavate tumedate jõududega.
Meie ajastu 33. aasta. Rooma provintsis Judea hakkab salapärane puusepp nimega Jeesus Naatsaretlane kuulutama "Jumala kuningriigi" saabumist ja ümbritseb end alandlike kalurite rühmaga: apostlitega. Juudid on sajandeid oodanud Messia tulekut - ilmutuslikku kuju, kes vabastaks oma püha kodumaa ja kehtestaks uue õiglusel põhineva korra. Jeesuse õpetused meelitavad kohale suure hulga järgijaid, kes tunnevad Teda Messiana. Olukorrast ärevuses arreteerib Sanhedrin ühe kaheteistkümnest apostlist Juudas Iskarioti abiga Jeesuse. Rooma-vastases riigireetmises süüdistatuna antakse Kristus Pontius Pilaatusele, kes mõistab rahutuse vältimiseks tavalise kurjategijana ristil surma.
Masinad palaanivad rünnata Zeoni, ainukest linna, kus on veel inimesi. Matrixisse ilmub tagasi eelmises osas hävitatud programm Smith (Hugo Weaving), mis on leidnud võimaluse ennast paljundada.
Masinad jõuavad viimaks Zeoni. Algab lahing maa saatuse üle. Samal ajal on programm Smith (Hugo Weaving) Matrixi hävingu äärele viinud. Neo (Keanu Reeves) läheb masinate linna, et seal masinatele ettepanek teha: Tema hävitab Programm Smithi, kui masinad nõustuvad inimestega rahu tegema.