24. je stoljeće. Na zapovjedni brod Federacije krenula je ratna flotila strašnih Borgova, rase kibernetički promijenjenih ljudi kojima zapovjeda zla kraljica (Alice Krige). Njihov cilj je podrediti sve rase u svemiru, a da bi ga ostavarili moraju se dočepati izuma genijalnoga Zeframa Cochranea (James Cromwell) i njegove pomoćnice Lily (AlfreAlfre Woodard). Zeframov izum omogućuje putovanje kroz vrijeme i svladavanje nemjerljivih međugalaktičkih prostranstava. Novi svemirski brod 'Enterprise E' pod zapovjedništvom kapetana Picarda (Patrick Stewart) dobiva naređenje da se ne miješa u borbu između zlih Borgova i federacijskih brodova. Picard jedini prepoznaje sav užas situacije, jer je već jednom bio u borgovskom zarobljeništvu. Kada vidi da će Federacija izgubiti bitku, prekršava naredbu i uništava protivnike, osim jednog manjeg dijela koji uspijeva pobjeći i stvoriti vremensku distorziju zahvaljujući kojoj se mogu vratiti u prošlost.
Bilo je to za mnoge ljude: zgodan kralj ratnika pun ambicija, hrabrosti i bahatosti mladosti, vodio je svoju malu vojsku protiv divovskih perzijskih snaga ... sin koji očajnički traži odobrenje svog strogog oca, očvrsnuo bitka, i koji se borio između njegove odanosti tome i ljubavi prema svojoj majci ... nemilosrdnog osvajača koji nikad nije izgubio bitku i gurnuo je svoje vojnike na krajeve poznatog svijeta ... vizionara, čije su snove, podvige i sudbine ostavili njihov trag u povijesti, pomažući oblikovati naš svijet danas. Bio je sve to i više. Bio je Aleksandar Veliki.
Spockov polubrat Sybok otima svemirski brod Enterprise zajedno s posadom kako bi otišao u središte galaksije, gdje se navodno nalazi planet na kojem se nalazi - Bog.