Batman püüab puhastada Gotham City organiseeritud kuritegevusest. Selle ülesande lahendamisel aitavad teda leitnant Jim Gordon ja prokurör Harvey Dent. Kolmik on oma töös väga edukas, kuni saab vastaseks uue superkurjategija, keda tuntakse nimel all Jokker. Viimane paiskab kogu Gothami anarhia küüsi, sundides Batmani sammhaaval lähemale piirile, mis lahutab kangelaslikkust omakohtust.
Fotograaf murrab autovõidusõidul pildistades jala. Nüüd veedab ajutiselt ratastooli aheldatud mees aega enda New Yorgi korteri tagaaknast naabreid vaadates. Ühel päeval jääb talle aga kummaline mulje, et naabrimees on enda naise tapnud. Kuna ta pole juhtunus täielikult kindel, saadab ta enda hooldeõe koos tüdruksõbraga asja uurima.
Martin Brody on uus politseiülem Amitys, puhkusesaarel Uus-Inglismaa kandis. Ühel hommikul leitakse rannalt tüdruku surnukeha. Ekspertiis näitab, et tegemist võib olla hairünnakuga. Peale uusi rünnakuid otsustab Brody koos kahe sõbraga ujuv elukas ülesse otsida ja see tappa.
Masinad palaanivad rünnata Zeoni, ainukest linna, kus on veel inimesi. Matrixisse ilmub tagasi eelmises osas hävitatud programm Smith (Hugo Weaving), mis on leidnud võimaluse ennast paljundada.
Masinad jõuavad viimaks Zeoni. Algab lahing maa saatuse üle. Samal ajal on programm Smith (Hugo Weaving) Matrixi hävingu äärele viinud. Neo (Keanu Reeves) läheb masinate linna, et seal masinatele ettepanek teha: Tema hävitab Programm Smithi, kui masinad nõustuvad inimestega rahu tegema.