1942년 1월 20일, 미국이 세계 2차 대전에 참전한다는 소식과 함께 독일의 나치는 베를린 외곽의 한 별장에서 유럽에 거주하는 유태인들의 운명을 결정지을 비밀 회의를 한다. 히틀러의 직접 명령으로 나치의 친위대 라인하트 하이드리히 장군(케네스 브래너)이 주재한 반세 회의에는 독일의 고위급 관리들이 대거 참여했으며 이 곳에서 논의된 내용은 절대로 외부에 알려져서는 안 된다는 약속들을 참여자들로부터 받아낸다. 이들은 추후에 유태인 대학살로 알려진 유태인 수용 문제를 해결하기 위해서 모였으며, 그 방법론에 있어서는 의견의 차이를 보였으나 유태인들을 전부 몰살함으로서 그 문제를 해결한다는 데에는 전부 찬성하였고 결국 수백만 명의 유태인들의 운명은 1시간 남짓 되는 이들의 모임에서 결정되고 만 것이다. 뉘른베르크 법안을 창안한 스투카르트 박사(콜린 퍼스)는 이 유태인 처리문제에 이의를 제기하나 묵살 당하며 은근한 협박에 의해 결국 지지를 표명하게 되는데...

제 2차 세계대전, 폴란드 바르샤바에서 남편과 함께 동물원을 운영하던 안토니나는 독일의 유대인 학살이 심해지자 그들을 비밀리에 빼내어 동물원에 숨겨주기 시작한다. 사라져가는 동물들, 그 곳에 채워지는 유대인들, 그리고 매일 아침 찾아오는 독일군들. 그녀는 목숨을 위협하는 감시 속에서도 이 특별한 비밀작전을 포기하지 않는데…

1940년 제2차 세계대전 시기, '천재'라 불리며 승승장구하던 체스 플레이어 '디에고'는 어느 날 스파이 누명을 쓴 채 프랑스를 점령한 독일군들에게 붙잡힌다. 하루하루 다양한 죄목으로 죽어나가는 이들을 보며 감옥 속에서 점차 생의 의지조차 꺾여가던 '디에고'. 그러던 어느 날 그의 앞에 독일군 '메이어' 대령이 나타나고, '체스 플레이어'라는 '디에고'의 직업에 흥미를 느낀 그는 '디에고'에게 뜻밖의 제안을 하는데...