سی سال پس از جنگ جهانی سوم حالا دیگر توکیو به یک شهر بسیار بزرگ و صنعتی تبدیل شده که هیچ آرامشی در آن وجود ندارد، همچنین گروه‌های خلافکاری که شب و روز در حال جنگ با یکدیگرند و اعتراضات شدید مردم نا امنی در این شهر را چندین برابر کرده‌است.یکی از گروه‌های موتورسوار و خلافکار این شهر دسته ای از دانش آموزان هنرستانی، به ریاست کانداست. یکی از دوستان صمیمی کاندا تتسوهو نام دارد که ضعیف‌ترین عضو گروه است و این کانداست که همیشه هوای او را دارد ولی تتسوهو همیشه نسبت به موتور و توانایی‌های کاندا در مبارزه حسادت می‌کند.علت وقوع جنگ جهانی سوم به کودکی به نام آکیرا بازمی‌گردد، آکیرا و سه کودک دیگر وجود داشتند که در گذشته به خاطر توانایی‌های خاصی که داشتند دولت آن‌ها را جمع‌آوری کرده بود ولی آکیرا قدرتی بسیار فراتر از همه آن‌ها داشت و وقتی از کنترل خارج شد جنگ جهانی سوم آغاز شد. پس از جنگ آکیرا را در محفظه دور از دسترس همگان قرار دادند و از آن سه کودک دیگر تحد تدابیر امنیتی شدید نگهداری کردند تا وقتی که سی سال بعد یکی از آن هلا اقدام به فرار کرد

یک ستاره شناس به اسم دکتر «النور آروی» (جودی فاستر) یکسری امواج هوشمند را که از اعماق فضا منتشر شده اند کشف می کند. او و دانشمندان گروهش پیغامها را کشف رمز می کنند و سپس جزئیات نقشه ساخت یک دستگاه برای برقراری ارتباط با این موجودات بیگانه فضایی را تهیه می کنند.

در این فیلم که روایت متفاوتی از داستان مرد عنکبوتی است، «پیتر پارکر» (اندرو گارفیلد) مدارکی را به‌دست می‌آورد که ممکن است به کمک آن‌ها بتواند دریابد که پدر و مادرش چگونه در زمان کودکی او ناپدید شده‌اند. او در همین راه با دکتر «کرت کانرز»، که شریک سابق پدرش بوده،‌ آشنا می‌شود...

داستان در شهر مخوف مالاریا می‌گذرد. این شهر، یک شهر کوچک و شاد بوده، اما دانشمندان دیوانه با اختراعات شیطانی شهر را در تاریکی و ترس همیشگی فرو برده‌اند. دانشمندان تمام تلاششان بر این است که اختراعاتی ترس آفرین تر و اهریمنی‌تر ارائه دهند و مردم دوست دارند شاهد خشونت و ترس بیشتری باشند. دانشمندان هر کدام یک گوژپشت به عنوان وردست دارند که نام همگی آن‌ها ایگور است. شخصیت اصلی هم ایگور است. وقتی رئیس ایگور طی یکی از آزمایشات احمقانه‌اش می‌میرد ایگور به آرزویش می‌رسد و…