Vuonna 2029 mutantit ovat kuolemassa sukupuuttoon eikä uutta ole syntynyt 25 vuoteen. Wolverine eli Logan ajaa limusiinia Meksikon ja Yhdysvaltojen välillä kuljettaen mitä erilaisimpia ja yleensä toinen toistaan ärsyttävämpiä asiakkaita elättääkseen itsensä sekä Meksikon puolelle autiomaahan piilotetun vanhan mentorinsa, professori Charles Xavierin. Professori X:ää pidetään puolitajuttomassa tilassa, telepaattiset kyvyt ovat heikentyneet vanhenevien aivojen rappion myötä. Wolverinen erityisherkät aistit ovat myös vain muisto entisestään, eikä yli satavuotias kroppa enää jaksa parantua entiseen tahtiin. Miehen luustoon upotettu adamantium pääsee nyt myrkyttämään muutenkin raihnaistuvaa kroppaa. Wolverine on antautunut kohtaloonsa, mutta kaikki muuttuu nuoren Laura-tytön ilmestyessä kolmikon elämään. Laura uskoo, että mutanteilla on vielä turvapaika ja Logan suostuu Lauran matkaan lähinnä professori X:n mieliksi, vaikka uskookin reissun olevan tuhoon tuomittu.
Nuori ja hauskannäköinen tiedemies on kehittänyt mullistavan laitteen jolla hän uskoo voivansa hajoittaa minkä tahansa aineen atomeiksi ja pystyvänsä siirtämään sen ajassa ja tilassa minne tahansa ja palauttamaan taas alkuperäiseen muotoonsa. Laboratoriossaan hän tekee itsestään koekaniinin. Herkkään laitteeseen eksynyt kärpänen muuttaa kuitenkin suuren hetken painajaiseksi. Tiedemiehelle kasvaa valtava kärpäsen pää ja hänen kätensä muuttuvat karvaisiksi kärpäsen jaloiksi. Alkaa kauhun ja epätoivon taistelu hyönteisten maailmassa aikaa vastaan. Elääkö hän tarpeeksi kauan muuttuakseen jälleen ihmiseksi...
Joukko tiedekilpailussa kisaavia opiskelijoita ja heidän vanhempiaan on kokoontunut paikalle nuorten tähtiharrastajien tapahtumaan. Kokoontuminen kuitenkin keskeytyy mitä näyttävimmällä tavalla maailmaa mullistavien tapahtumien seurauksena.
Tri-Oceanic tekee merenalaista kaivostoimintaa ja on perustanut kahdeksan miehen tukikohdan meren pohjaan, jossa kuuden hengen kaivausyksikköä johtaa geologi Beck. Lääkärinä ja yleisluontoisena asiantuntijana työskentelee tohtori 'Doc' Thompson. 90 päivän työrupeama hopean kaivamiseksi alkaa olemaan loppusuoralla, kun viimeisellä kaivauskomennuksella oleva Buzz yhdessä Willien kanssa löytää meren pohjasta uponneen venäläisen laivan - Leviathanin. Buzz tuo laivan kassakaapin ahneuksissaan takaisin tukikohtaan. Eipä aikaakaan kun kassakaapista löytyneet todisteet hämärästä laivan uppoamissyystä alkavat vaivaamaan Beckiä ja lääkäriä, ja pian Oceanicin miehistön jäsenille alkaa ilmaantua outoja oireita.