Люк Скайуокър обединява сили с рицар джедай, самоуверен пилот, ууки и два дроида, за да спаси галактиката от разрушаващата светове бойна станция на Империята, като същевременно се опитва да спаси принцеса Лея от мистериозния Дарт Вейдър.

Нео вече разполага с по-голям контрол върху свръхестествените си сили, след като Зион пада под обсадата на Армията на Машините. Само часове делят последният човешки анклав на Земята от 250,000 стражи, програмирани да унищожат човечеството. Но за гражданите на Зион, насърчавани от обещанието на Морфей, че Един ще изпълни Пророчеството на Оракула и ще донесе победа във войната с Машините, всички надежди и очаквания са съсредоточени в Нео. А той се сблъсква с объркващи видения, докато търси посоката, в която да действа.

В Лос Анжелис, в навечерието на новото хилядолетие, бивше ченге, нелегално продаващо виртуални изживявания, отчаяно търси приятелката си, зарязала го заради гангстер.

Нео е впримчен в ничията земя между Матрицата и Света на машините. Докато Тринити бди над тялото му, Морфей се бори с разкритието, че Избраният е просто още една система за контрол, изобретена от архитектите на Матрицата.